基因组学第一章.ppt

什么是基因组？ 基因组是一种生物所拥有的整套遗传物质，它包含该生物的全部遗传信息。 绝大多数生物都以脱氧核糖核酸（DNA）为遗传物质，仅一些病毒以核糖核酸（RNA）为遗传物质。 朊病毒是一种蛋白质（Prion蛋白），但它是否称得上是一种生物，尚无定论。 DNA和RNA的一级结构 DNA和RNA是由核苷酸亚基连接成的不分支长链大分子。 核苷酸亚基由一个核糖、一个磷酸根和一个碱基（嘌啉、嘧啶）组成。 核苷酸通过 3? 与 5? 位的磷酸二酯键连接成高聚物——多聚核苷酸。 DNA和RNA的核苷酸 DNA的核苷酸含2?－脱氧核糖及腺嘌啉（A）、胞嘧啶（C）、鸟嘌啉（G）、胸腺嘧啶（T） 4种碱基。 RNA的核苷酸含核糖及与DNA相似的4种碱基，但其中胸腺嘧啶（T） 被换成脲嘧啶（U）。 DNA的二级结构 DNA在活细胞中为双链结构，两个DNA单链通过碱基配对（遵循A=T、G?C的原则），靠氢键结合在一起，相互缠绕，形成反向平行的双螺旋结构。 DNA双螺旋 核糖和磷酸构成双螺旋骨架 ，具亲水性，处于外侧；碱基具疏水性，处于内侧。 螺旋直径20?。 螺距34?，含 10 个核苷酸对。 大沟宽而深，扇形 180o；小沟窄而浅，扇形 180o。 DNA 作为遗传物质的优点 信息容量大，集成度高 1个基因 ? 1kb ? 碱基序列种类达41000 = 10602 比较：直径10亿光年的宇宙体积为10108?3 人类基因组DNA长 ? 2m；细胞平均直径 ? 10?m 碱基互补配对，保证精确复制 核糖 2? 碳位脱氧，在水溶液中稳定性好 以 T 取代 U，没有 C 脱氨变 U 的危险 DNA超螺旋结构 DNA 双螺旋扭曲时会改变螺旋数，为使螺旋数保持不变，则必须形成超螺旋，故超螺旋的方向总是与初级螺旋的扭曲方向相反，以抵消初级螺旋扭曲的作用力 正超螺旋：初级螺旋向紧缠方向扭曲时产生的超螺旋 负超螺旋：初级螺旋向松缠方向扭曲时产生的超螺旋 细胞中形成DNA超螺旋的条件 在细胞内，DNA 双链分子必须呈闭合环状，才能形成超螺旋。 绝大多数原核生物 DNA 为环形，称为共价闭合环（CCC分子），可形成超螺旋。 真核生物的线形 DNA 在两个蛋白质结合点之间亦可形成环形结构，类似于CCC 分子，故亦可形成超螺旋。 超螺旋可使 DNA 链得到压缩。 DNA超螺旋与基因表达 生物体内一般维持 5%左右的负超螺旋，这部分 DNA 双螺旋较松缠，有利于 DNA 转录和复制。 超螺旋的形成原因 体内 DNA 超螺旋的产生依赖于 DNA 拓扑异构酶。 拓扑异构酶 I：每次作用于单链，无需 ATP，可解除负超螺旋。 拓扑异构酶 II：每次作用于双链，需要 ATP，可解除正超螺旋（又称解旋酶），并产生负超螺旋（又称旋转酶）。 拓扑异构酶 I 和拓扑异构酶 II 相互竞争，调节细胞内 DNA 的超螺旋状态。 DNA 的变性（Denaturation） 概念：指在物理或化学因素的作用下，DNA中氢键断裂，双螺旋解离成两条独立的单链的过程。 诱因：加热、变性剂。 DNA变性的特性 增色效应：DNA 变性会使其光吸收值增加。 DNA 吸收高峰波长为260nm 相应的消光系数记为 A260 在 50?g/ml 的浓度下 双链 A260 = 1.00 单链 A260 = 1.37 熔解温度（Tm）：指一半双链发生变性时的温度。 A260 = ( 1 + 1.37 ) / 2 = 1.185 双螺旋中 G ? C 含量越高则 Tm 越高 DNA 的复性（Renaturation） 概念：消除变性因素后，DNA单链通过碱基配对重新恢复成双链的过程。 若双链为部分变性，则复性可很快完成。 若双链为完全变性，则复性需很长的时间，且很难完全恢复到原来结构。分两步进行： 第一步：成核作用 —— 先在富含 G ? C 区开始复性 第二步：拉拉链作用 —— 从已复性区段向两侧扩展 DNA 复性的特性 DNA 片段越长，序列越复杂，则复性速度越慢。 DNA 片段越短，序列越简单，则复性速度越快。 复性速度：高度重复 中度重复 低度重复 单拷贝 DNA序列复杂性：指最长的没有重复序列的核苷酸对数，记为 x。 例如： 序列 (AT)n 的 x = 2 序列 (ATGC)n 的 x = 4 一个含105 个核苷酸对的非重复DNA分子的 x = 105 DNA复性曲线 在一种生物（特别是真核生物）的基因组中，同时包含高度重复、中度重复、低度重复和单拷贝的序列，因而其复性曲线是个混合曲线。根据曲线的形状，可以推断基因组中各种序列的比例。 DNA 的呼吸作用 在生理条件下，DNA 双螺旋中配对碱基