基因调控网络模型的定性分析-应用数学专业论文.docxVIP

南京航空航天大学硕士学位论文 南京航空航天大学硕士学位论文 基因调控网络模型的定性分析 基因调控网络模型的定性分析 i i PAGE PAGE iv 摘 要 随着生物信息学的迅速发展和 DNA 芯片技术的出现，使得测定基因调控网络成为可能.目 前基因调控网络已经成为生物信息学和生物医学研究的一个新领域，并且对基因调控网络理论 和实验的研究引发了越来越多的关注.因为基因调控网络是一个主要描述基因产物，如 mRNA 和蛋白质之间高度复杂的相互作用的动态生化系统，因此基因调控网络对于人们理解基因和蛋 白质是如何运作而形成一个可以表现各种生物功能的复杂网络具有重要意义.例如，由于基因的 调控作用才使得斑马鱼细胞内的基因合成功能蛋白，而这些蛋白质通过有序排列形成皮肤组织， 从而形成体表斑图.所以从基因层次研究斑马鱼斑图对于系统地了解斑马鱼斑图的形成过程具 有重要的意义.本文在分析和总结由 sRNA 调节的时滞基因调控网络模型和斑马鱼模型研究现 状的基础上，通过稳定性理论、Turing 分岔理论等分析方法，分别对上述两种模型的动力学行 为进行研究.本文的组织如下： 第一章概述时滞基因调控网络系统, 带有时滞和交叉扩散的斑马鱼模型, 研究其现状及 进展, 并且阐述本文的主要内容. 第二章建立由 sRNA 调节的时滞基因调控网络模型,选取时滞??为分岔参数, 研究系统正 平衡点的局部渐近稳定和 Hopf 分岔. 第三章研究带有交叉扩散的斑马鱼模型，分析系统的 Turing 分岔, 推导系统的振幅方程并 且研究系统图灵斑图的选择和稳定性. 第四章讨论带有交叉扩散和时滞的斑马鱼模型, 以时滞为分岔参数分析系统的 Turing 不 稳定性,并且讨论时滞对斑图产生的影响. 第五章总结全文的工作，并对今后的工作进行展望. 关键词: 基因调控网络，斑马鱼模型，交叉扩散，稳定性，Hopf 分岔， 图灵斑图 Abstract It is possible to determine gene regulatory network with the rapid development of bioinformatics and the emergence of DNA chip technology. The gene regulatory networks have become a new field of bioinformatics and biomedical research, and the study of gene regulatory network theory and experiment has caused more and more attention. the gene regulatory network is a dynamic biochemical system which mainly describe the gene product, such as highly complex interaction between protein and mRNA. Thus, it is greatly significance for people to understand how genes and proteins work and form a complex network which can realise all kinds of biological function. For example, it makes the gene of zebrafish synthetise the function of the protein in the cell due to the effect of regulation of the gene, these proteins form skin tissue by orderly arrangement, then, the body pattern is formed. So it is very significant to understand the pattern formation of zebrafish from gene level. Based on the analysis and summary of gene regulatory network model by sRNA adjust with delay and the research situation of zebrafish model, researching the dynamic behavior of the above two models resp