基因组染色体同源片段判别算法的设计与实现-数学专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 独 创 性 说 明 本人郑重声明：所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究 工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的 地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写的研究成果，也不包含 为获得河北联合大学以外其他教育机构的学位或证书所使用过的材 料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中做了 明确的说明并表示了谢意。 论文作者签名： 日期： 2015 年 3 月 11 日 关于论文使用授权的说明 本人完全了解河北联合大学有关保留、使用学位论文的规定， 即：已获学位的研究生必须按学校规定提交学位论文，学校有权保 留、送交论文的复印件，允许论文被查阅和借阅；学校可以将学位论 文的全部或部分内容采用影印、缩印或编入有关数据库进行公开、检 索和交流。 作者和导师同意论文公开及网上交流的时间： □ 自授予学位之日起 □ 自 年 月 日起 作者签名： 导师签名： 签字日期：2015 年 3 月 11 日 签字日期：2015 年 3 月 11 日 摘 要 摘 要 植物基因组进化的重要特征之一就是发生了广泛的基因组多倍化事件。在已经 测序的植物基因组中研究发现其在进化过程中均受到多倍化的影响。理清植物基因 组的结构和进化过程对于深入认识植物基因组的功能和相关生物学过程都具有十分 重要的科学意义和潜在的经济价值。 准确判别基因组染色体同源片段是基因组研究工作的基础，也是整个研究工作 中极为重要的一步。然而，由于基因组的复杂性，对基因组染色体同源片段的判别 需要一定的时间和精力投入，尤其是现有的方法和软件不能快速、准确地判别基因 组染色体同源片段，所以论文旨在结合已有的生物知识，总结归纳了现有对禾本科 植物和棉花的基因组倍增事件的研究理论，将具体的生物实际问题转化为数学问 题，建立数学模型，改进 Smith-Waterman 动态规划算法，设计合理的算法，为判 别多基因组染色体同源片段提供了理论基础；采用 C#语言编写程序，开发了一个 灵活、通用性强、有与用户交互的界面的软件，以设计好的算法来量化每一个可能 为同源片段的基因；在水稻（Oryza sativa）、高粱（Sorghum bicolor）、玉米 （Zea mays）、二穗短柄草（Brachypodium）四种禾本科植物的基因组序列上，实 际应用设计的算法和编写的程序，准确、有效地判断出 2092-14227 个基因组内 （间）共线基因（表 1），60-468 个基因组内（间）同源基因区域（表 2），并进 一 步 以 高 粱 基 因 组 序 列 为 参 照 进 行 了 多 重 序 列 比 对 分 析 （ 图 15 ）；对 棉花 （Gossypium）的基因组序列进行了同源片段判别分析，依据结果建立了三种数学 模型假设，并用计算机模拟验证，得出了棉花与可可基因组分化后，最为可能发生 了五倍化事件的结论。 论文研究成果将有力支持今后的基因组研究工作，并为基因组染色体同源片段 的判别提供方法和工具。 图 23 幅；表 7 个；参 63 篇。 关键词：基因组；多倍化；同源基因；共线性；禾本科植物；棉花 分类号：O213 - I - 河北联合大学硕士学位论文 Abstract Widespread occurrence of polyploidization is an important feature in plant genome evolution. Some researches found that all plant genomes which have been sequenced had been affected by polyploidy. To understand the function and associated biological processes of plant genomes, sorting of plant genome structure and evolution is very important for scientific significance and potential economic value. Accurately determining homologous chromosome segments in genomes is the basis for the genome researches and an extremely important step. However, because of the complexity in plants genomes, it needs more time and e