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Section R: Bacteriophages and  eukaryotic viruses 1. Introduction to viruses What is virus? What is compound of virus? What are characters of virus? What do viruses do? Discovery the virus TMV（Tobacco mosaic virus） 1886年，A. Mayer 发现具有传染性的烟草花叶病； 1892年，D. Ivanovsky 烟草花叶病病原体能通过细菌滤器 是一种能通过细菌滤器的”细菌毒素”或极小的细菌 1898年，M W Beijerinck对烟草花叶病病原体的研究结果 1935年，W M Stanley首次提纯并结晶 了烟草花叶病毒，提出TMV 由蛋白和核酸组成； Bawden等证明烟草花叶病毒 的本质为核蛋白； 1940年，Kausche首先用电镜观察到烟 草花叶病毒颗粒 How to define virus? Still no precise definition of a virus 病毒为具有独立于其宿主的进化史的绝对细胞内寄生物，它的DNA或RNA基因组被其所编码的蛋白质壳体化。 -------------（Fields等，1990年） Virus particles are sub-microscopic, and can replicate only inside a host cell. (In our book) 病毒与活细胞的差别 1 结构简单，无细胞结构 2 几乎所有的病毒中都只有DNA或RNA其中一种类型的核酸 3 在细胞外不能增殖，不能像真核生物和原核生物一样进行细胞分裂 病毒起源的假说 1 由原核生物在寄主细胞内进行退行性进化 2 脱离细胞而独立的核酸演变 病毒的结构和组成 Genetic material: dsDNA、ssDNA dsRNA、ssRNA Capsid: virus-encoded protein coat Envelope: bi-layer lipoprotein, derived from host cell membranes by budding 包膜糖蛋白对病毒的组装和结构很重要，通常是寄主细胞特殊受体结合的受体配体（receptor ligand） 或反受体（antireceptor） Matrix: provide contact between the nucleocapsid and envelope The common structure of virus 不同种类病毒的形态 Virus genomes The genome of viruses is defined by its state in mature virion, and varies between virus families. 病毒基因组的多样性 linear or circular，segmented or diploid, (single strand) positive sense 、 negative sense or ambi-sense (overlapping) Not all virions have a complete or functional genome In the help of helper viruses (wild-type), unable replicated genome can be rescued by complementation. 1977年Sanger测定了ΦX174-DNA全部5375个核苷酸的序列； 1978年Fiers等测出SV40DNA全部5224对碱基序列 截止2005年5月，GenBank上已报道1480种病毒基因组，其中dsDNA病毒449种，ssDNA239种，ssRNA442种，dsRNA68种 截止2007年12月，GenBank上已报