华中农业大学生物信息学课件Bioinf02-2.pptVIP

* * * * * * * * * * * * 需要提及大规模数据的提交： SRA（Sequence Read Archive, /sra/）/Trace Archive、GEO * /modules/redbtools/readseq.php * * * * ____________________________________________________ Xa26ATGGCCATGGGTCCACA…. ____________________________________________________ Xa26 ATGGCCATGGGTCCACA…. ____________________________________________________ Xa26 ATGGCCATGGGTCCACA ____________________________________________________ Xa26 ATGGCCATGGGTCCACA…. ____________________________________________________ Xa26 ATGGCCATGGGTCCACA…. 以上这些都不是正确的FASTA格式 * （2）其它类型的文献数据库 Agricola/ 美国农业部农业图书馆的数据库 农业类刊物 OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) /omim NCBI 的数据库，每天更新数据 人类基因、遗传疾病 在NCBI 主页选择OMIM后输入关键词（疾病、基因名称等）进行检索 ? 条目 （2）其它类型的文献数据库 GOPubMed /web/gopubmed/ 基于PubMed，利用GO和MESH词表对文献全面分析 快速了解相关领域文献的年度分布、期刊分布、地域分布、合作者可视化网络等信息 可以根据背景知识、杂志、作者、地域和发表时间等选项对于查询结果进行筛选 查询杂志“Nat Genet”有关人类的研究结果 （2）其它类型的文献数据库 GOPubMed检索 使用关键词检索 “rice snp database” 查看统计结果，选择杂志“Nucleic Acids Res” 查看在该杂志中的相关文献 7、更多的数据库 /nar/database/c/ 第二章 数 据 库(V) 生物信息学 8、向数据库提交和修改核苷酸和蛋白质序列 提交：Submission 修改：Update 数据库中的数据由大家无偿提供，共同享用 Accuracy？？ （1）向 GenBank提交或修改核苷酸序列 GenBank主页?菜单“Submit” ? BankIt 功能提交序列 网上直接提交，简单方便 提交后立刻得到临时编号 二天内得到 Accession number 用Update 功能修改 GenBank 中的序列和相关信息 Accession number不变，修改一次，version 的编号就进一位 用 Sequin 方法提交序列 可下载的电子表格 自动确定 CDS、ORF 和查找重复序列 BankIt 发表文章需要提交序列 （2）向 UniProtKB提交或修改蛋白质序列 使用SPIN网上直接操作，网页先注册（Register），然后登陆（Login）填写电子表格 只接收用蛋白质直接测序的序列 质谱数据通过email提交到PRIDE 由核苷酸序列翻译得到的蛋白质序列将进入TrEMBL /help/submissions More… 递交数据到NCBI /guide/howto/submit-sequence-data/ 递交数据到ENA http://www.ebi.ac.uk/ena/about/submit_and_update 大规模数据往往需要邮件联系 9、常用序列格式 FASTA(Pearson) Genbank EMBL 数据库后台存储格式ASN.1 其他格式介绍 格式转换 http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi /molbio/readseq/ 第二章 数 据 库(上机操作) 生物信息学 上机操作 熟悉本课件所列的各种数据库的功能和适用范围 浏览核酸研究（Nucleic Acids Research）收录数据库列表，了解数据库分类和内容 了解常用序列格式并学习格式转换 了解如何提交和修改序列 New BankIt Xa26 nucleic acid sequence (DQ426646,6000 bp): Xa26, mRNA ATGGCCATGGGTCCACACGC