基因可变剪接调控网络的构建-控制理论与控制工程专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 分类号： 密级： U D C ： 编号： 工学硕士学位论文 基因可变剪接调控网络的构建 硕 士 研 究 生 : 魏红蕾 指 导 教 师 : 王科俊 教授 学 位 级 别 : 工学硕士 学 科 、 专 业 : 控制理论与控制工程 所 在 单 位 : 自动化学院 论 文 提 交 日 期 : 2014 年 1 月 论 文 答 辩 日 期 : 2014 年 3 月 学 位 授 予 单 位 : 哈尔滨工程大学 万方数据 万方数据 Classified Index: U.D.C: A Dissertation for the Degree of M. Eng Construction of gene alternative splicing regulatory networks Candidate: Wei Honglei Supervisor: Wang Kejun Academic Degree Applied for: Master of Engineering Specialty: Control Theory and Engineering Date of Submission: Jan. 2014 Date of Oral Examination: Mar. 2014 University: Harbin Engineering University 万方数据 万方数据 哈尔滨工程大学 学位论文原创性声明 本人郑重声明：本论文的所有工作，是在导师的指导下，由作者本人独立完成的。 有关观点、方法、数据和文献的引用已在文中指出，并与参考文献相对应。除文中已注 明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经公开发表的作品成果。对本文 的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声 明的法律结果由本人承担。 作者(签字)： 日期： 年 月 日 哈尔滨工程大学 学位论文授权使用声明 本人完全了解学校保护知识产权的有关规定，即研究生在校攻读学位期间论文工作 的知识产权属于哈尔滨工程大学。哈尔滨工程大学有权保留并向国家有关部门或机构送 交论文的复印件。本人允许哈尔滨工程大学将论文的部分或全部内容编入有关数据库进 行检索，可采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文，可以公布论文的 全部内容。同时本人保证毕业后结合学位论文研究课题再撰写的论文一律注明作者第一 署名单位为哈尔滨工程大学。涉密学位论文待解密后适用本声明。 本论文(□在授予学位后即可 □在授予学位 12 个月后 □解密后)由哈尔滨工程大学 送交有关部门进行保存、汇编等。 作者(签字)： 导师(签字)： 日期： 年 月 日 年 月 日 基因可 基因可变剪接调控网络的构建 哈尔滨 哈尔滨工程大学硕士学位论文 万方数据 万方数据 万方数据 万方数据 摘 要 可变剪接是真核生物的一种重要的基因调控机制。可变剪接能够使基因产生多个基 因同源变体，进而能够编码多种蛋白质，极大的丰富了蛋白质的功能种类。研究证明， 可变剪接与人 类的多 种疾病紧密相 关，包 括：脊髓性肌 萎缩、 色素性视网膜 炎、 Prader-Willi 综合症和癌症相关的细胞迁移、细胞生长调控、荷尔蒙响应性、细胞死亡和 化疗反应中基因表达变化等。因此，对可变剪接的研究将有助于研究者在本质上理解基 因和蛋白质之间的调控关系，为癌症等重大疾病找到更好的治疗方法。 可变剪接调控网络是基因调控网络的延伸，用于描述基因同源变体之间的相互调控 关系。构建可变剪接调控网络是深入研究可变剪接调控机制的基础。本文对可变剪接调 控网络的构建进行了以下研究： (1) 基因表达数据的处理。即基于 Tophat 对 RNA-seq 数据做序列比对。序列比对是 基因转录分析中的重要且关键的一步，它直接影响着后续的实验结果的准确性和精度。 本文首先比较现有的几种读段定位软件工具的优缺点；然后依据本文数据的特点，提出 一种定位软件选择准则，根据选择准则以及软件的比对结果，挑选最适合本文项目的定 位软件；最后，本文利用选择的软件，通过读段匹配，将本文中 RNA-seq 序列数据定位 到参考基因组序列中。实验结果表明，本文选用的 Tophat 软件不仅能够较好的匹配跨越 结合区的读段、准确地发现外显子结合区以及新的剪接位点，而且具有速度快、适合于 短读段数据匹配等优势，因此，本文选用的 Tophat 软件能更好的满足本文数据的特点。 (2) 基于 Cufflinks 的基因表达量估计。本文选择基于 RPKM(Read Per Kb per Million mapped reads)的 Cufflinks 软件包计算基因的表达量。首