基于甘薯徐781和徐薯18转录组测序的SNP标记开发-作物专业论文.docxVIP

优秀毕业论文 精品参考文献资料 Secrecy： Secrecy： No． Chinese Academy of Agricultural Sciences Dissertation Development of SNP Markers Based on Transcriptome Sequencing of Xu 781 and Xushu 18 in Sweetpotato， Ipomoea batatas(L．)Lam． M．S．Candidate：Jialei XU Supervisor：Professor Qiang Li Degree： Master ofAgricultural Extension Specialty： Crops May 2015 万方数据 独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 独创性声明 本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证 书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了 明确的说明并表示了谢意。 ～躲乌家拓 时凤硼l岁年6具g日 关于论文使用授权的声明 本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科 学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩 印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不 同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。 研究生签名： 贰风Ⅵ|芏年6只娶日 导师签名： 时间： ／ 劢U 年易具驴 万方数据 中国农业科学院 中国农业科学院 硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 论文题目 基于甘薯徐781和徐薯18转录组测序的SNP标记开发 论文作者 许家磊 专 业 作物 研究方向 分子育种 指导教师 李强 培养单位(研究所) 甘薯研究所 硕 姓名 职称 单 位 专 业 签名 (博) 评 乐美旺 研究员 硕导口 江西省农业科学院 作物遗传育种 ＼＼ 博导口 阅 人 刘贵富 副研究员 育生物学研究所 作物遗传育种 ＼＼ 硕导口 中国科学院遗传与发 博导口 公 口 1 辩 硕导口 中国农业大学 作物遗传育种 1。 物 主 刘庆昌 教授 博导团 席 马代夫 研究员 作物遗传育种 燃一 硕导口 中国农业科学院甘薯 博导留 研究所 ’、√ 李宗芸 教授 江苏师范大学 遗传学 芬音、乞 硕导口 博导团 公 唐君 研究员 作物种质资源 耘 硕导口 中国农业科学院甘薯 博导口 研究所 辩 | 刘亚菊 副研究员 博导口 研究所 作物遗传育种 和砀 硕导团 中国农业科学院甘薯 委 硕导口 博导口 贝 硕导口 博导口 硕导口 博导口 会议记录(秘书) 孙厚浩 论文答辩时间地点 201 5年5月30日中国农业科学院甘薯所综合楼8322会议室 万方数据 摘要单核苷酸多态性 摘要 单核苷酸多态性(SNP)是近年来被认为最有发展潜力的第三代分子标记。本实验室利用 Illumina RNA．seq技术，从淀粉含量、薯干产量和茎线虫病抗性差异明显的徐781和徐薯18测序 结果中己获得1,386个SNP候选位点。为开发实用的SNP标记，本研究采用等位基因特异性 PCR(AS．PCR)和四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS．PCR)两种特异性扩增的方法 以及酶切扩增多态性序YU(cAPs)酶切的方法，检测候选SNP位点，确定合适的甘薯SNP分子标 记检测方法，对其反应条件进行优化，包括反应退火温度、内外引物浓度之比和Taq DNA聚合 酶用量，并根据候选SNP位点，设计引物，检测SNP位点和开发SNP分子标记。主要研究结果 如下： 1．通过AS．PCR、Tetra．primer ARMS．PCR和CAPS三种常用的SNP检测方法，对甘薯SNP 位点进行检测，比较其检测可行性和有效性，并对适宜检测方法的反应体系进行优化。结果表明， Tetra-primer ARMS．PCR方法能准确、快速检测甘薯SNP位点并进行分型，操作步骤简单，费用 低廉，使用25 uL的反应体系，在每一组引物的最适退火温度下，内外引物浓度之比为0．4 I_tmol／L：0．2 pmol／L，砌DNA聚合酶用量为1．25 u时，可以达到良好的检测效果。 2．利用徐781和徐薯18转录组测序获得的候选SNP位点共设计了153组Tetra-primer ARMS-PCR引物，对徐781和徐薯18候选SNP位点进行检测，其中103组引物的PCR产物有 差异，差异检出率为67．9