重编程过程全基因组r理nai筛查功能基因.ppt

总结： 可借鉴之处： 1.运用多种marker将重编程细胞各个时段有效分开 2.运用新的全基因组RNAi筛查技术找到一些通过转录组分析不能找到的重编程过程行驶功能的基因。 3.通过RNAi和转录组分析可以高效找出重编程过程的正向负向调控因子，并且重要的是一些重编程过程必须的因子表达量可能不发生变化。 4.解释了重编程各个人为划定时段的一些细胞生理装态。 5.RNAi大规模筛选比传统knockdown效率提高很多，并且对重编程在组学水平上提供了功能性的解释，而非传统描述性的组学，可能提供更多有效信息。 个人需要改进之处： 全基因组RNAi筛查作为新技术，商品化的shRNAs文库设计能否更有效的特异性knockdown靶基因，而不影响其他基因的表达量，能否针对某种细胞开发更合适的shRNAs文库，并且反转录病毒导入OSKM以及shRNAs难免会引起一些基因的表达模式发生变化，shRNAs的最适合用量等技术层面的改进可以在日后更加完善。 * 全基因组功能分析揭示了诱导重编程细胞命运发生转变过程所需的因子 摘要： 在重编程过程中，转录组分析可以显示出一些分子变化，但是对给定的因子在重编程过程细胞命运发生转变的各个阶段其功能并不清楚。本研究通过全基因组RNAi筛查和转录组分析鉴定出了重编程过程细胞命运发生转变各时段的的关键基因和所需要的细胞事件。与信号通路有关的基因（如ltpr1,ltpr2,pdia3等）在细胞获得多能性前构成细胞主要的调控网络。ips细胞在成熟过程中一些关键基因集的激活（如Utf1，Tdgf1等）起到重要作用。全基因组RNAi筛查结果显示，绝大多数（53%-70%）RNAi的靶基因表达量在重编程过程中不发生变化。在这些表达量不发生变化的的基因中Dmbx1,Hnf4g,Nobox,Asb4对重编程起重要作用。而Nfe2，Cdkn2aip，Msx3，Dbx1，Lzts1，Gtf2i，Ankrd22对重编程起到阻碍作用。总之，作者的结论对重编程细胞命运转变各阶段所需要的基因功能提供了大量信息。 背景介绍： 背景介绍： OSKM +shRNA 0d（pMX-DsRed） 3-5d Thy1：early stage marker 7d SSEA1：mid to late stage marker DsRed+ DSRed- Thy1+/SSEA1- Initial stage Thy1-/SSEA1+ Transition stage SSEA1+/DsRed+ Predetermined stage SSEA1+/DsRed- Mature reprogrammed stage 14d 结论： 1.对重编程细胞全基因组RNAi筛查的实验策略： -3d分选出慢病毒侵染后表达DsRed细胞 80% 1%-2.5% 1.对重编程细胞全基因组RNAi筛查的实验策略： 14d分选出处于重编程4个阶段的细胞。 结论： 1.对重编程细胞全基因组RNAi筛查的实验策略： “differentially expressed” Embryonic development,cell cycle,cell death基因表达上调 Cellular function and maintenance,molecular transport,metabolism “Non-differentially expressed” (ESC function) (basal cellular functions) 结论： 2.鉴定细胞重编程各阶段转录标志 转录组结果表明在重编程早期阶段转录组就发生了大规模的重构 “细胞命运识别阶段” “细胞命运决定阶段” 对重编程因子的 环境“压力”相应 破坏体细胞 转录本网络 ESC特定调控网络的建成 结论： 2.鉴定细胞重编程各阶段转录标志 结论： 2.鉴定细胞重编程各阶段转录标志 Early step in reprogramming：lyz,lyzs (destruction of somatic regulatory networks) “Early reprogramming”:Nanog,Sall4,Esrrb,Dppa4, Dppa5a,Dnmt3b,Dnmt3l (ESC core circuitry) “mature reprogrammed”:Utf1,Tdgf1,Gsc,Fgf10,T,Chrd,Dppa3,Fgf17,Eomes,Foxa2 (reinforce the regulatory