烟草基因组一类微小倒置重复转座元件(mite)的转座活中性及其应用-植物保护专业毕业论文.docxVIP

浙江大学硕士学位论文 浙江大学硕士学位论文 致谢 目 录 目勇乏 一I 致谢 III 摘要 一IV ABSTRACT V 1文献综述 ．．1 1．1 转座元件研究进展 1 1．2 MITE家族的发现 ．3 1．3 MITE家族的分类 ．5 1．4 MITE的产生及转座机制的模型 8 1．5 TE或参与植物的基因表达调控 lO 1．6 TE衍生的小分子RNAs 11 1．7 问题与展望 一13 2烟草基因组一类微小倒置重复转座元件(MITE)目前仍具转座活性 14 2．1 前言 14 2．2材料与方法 ．．1 5 2．2．1 植物材料 15 2．2．2培养基和主要试剂 一16 2．2．3烟草组织培养 ．．16 2．2。4烟草基因组DNA的提取 ．．1 7 2．2．5 Nest．PCR ．．1 7 2．2．6琼脂糖凝胶电泳 ．．18 2．2．7 PCR产物割胶回收 ．1 8 2．2．8 连接反应 l 8 2．2．9感受态细胞制备 ．．19 2．2．10 电击转化 ．20 2．2．11重组转化子的培养 ．．20 2．2．12重组质粒的提取 20 2．2．13双带型PCR确认实验 ．21 2．2．14转座子显示技术 22 T 万方数据 浙江大学硕士学位论文 浙江大学硕士学位论文 致谢 2．2．15 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 23 2．2．16生物信息学分析 24 2．3结果分析与讨论 ．．24 2．3．1 烟草MITE同源序列的种类和数量分布 24 2．3．2烟草遗传不稳定生物学表型的构建 ．26 2．3．3 MITE元件可用于烟草DNA多态性的鉴定 ．27 2．3．4烟草TMi l件可受逆境诱导转座 30 2．3．5 烟草TMi l元件转座活性的确认实验 31 2．4讨 论 33 参考文献 35 作者简历 44 II 万方数据 浙江大学硕士学位论文 浙江大学硕士学位论文 致谢 致谢 时光飞逝，转眼间两年半的研究生学习时间即将结束，回顾这段时间的学 习使我受益匪浅。在此论文即将完成之际，由衷地向诸位老师和同学以及支持 我的家人表示我最诚挚的谢意，感谢你们两年多来在我的生活、学习、科研、 工作中给予的鼓励、关心、支持和帮助。 我要特别感谢我的指导教师董海涛副教授，他为人和蔼，谦虚谨慎，平易 近人，在整个论文的写作过程中，为我倾注了极大精力和心血。在我无思路头 绪时，董老师总会不厌其烦地帮我梳理思路，耐心解答，并给予我精神上的鼓 励和支持；当论文初稿完成后，董老师又抽出宝贵的时间认真的研究，提出有 独特见地、标新立异的修改意见。他这种严谨治学的态度将激励和影响我的未 来，他对我的关心和教诲更让我永远铭记在心。借此机会，我谨向董海涛老师 致以深深地致谢。 感谢骆红梅老师、陈雄风老师、王晟老师、李婵媛师姐、张璐师姐和钟若 涵师妹在分子生物学实验以及生物信息学分析方面给予的一系列帮助；感谢凌 欢姐、陈东、刘苑秋、张亚惠等好友在实验进展中的关心、鼓励和支持；感谢 室友何冬霜、丁艳梅、武会芳陪伴我度过了近三年美好的研究生生活。 最后，我还要特别感谢默默关心和支持我的父母和家人，感谢一路以来你 们无私的关怀和鼓励，让我能勇敢地面对各种困难与挫折。正是你们的关怀与 理解，才能让我投入到工作和学习当中，并顺利完成学业。 王菁菁 2015年12月于紫金港 III 万方数据 浙江大学硕士学位论文 浙江大学硕士学位论文 摘要 摘要 微小倒置重复转座元件(miniature inverted repeat transposable element，MITE) 是真核基因组中含量丰富的一类非自主转座元件，且与许多重要生物学事件密 切相关。目前为止，仅在极少数物种中鉴定出几个MITE家族仍具备活跃的转 座活性，如此便无法充分地获知MITE转座的分子细节以解析其转座机制。本 研究选择烟草(Nicotiana tabacum)基因组为研究对象，首先应用生物信息学方法 分析完成了烟草MITE同源序列的种类和数量分布状况，包括MITE元件群的 结构特征及相关信息；再者，通过检测MITE元件群在不同烟草品系中的多态 性差异，获得其中一个元件(TMi 1)可能具有转座活性的初步证据；其后，在建 立了二组适用于MITE转座活性检测的生物学表型的基础上，采用转座子显示 技术及后续验证实验，最终确认TMi 1元件于目前仍具有转座活性。这是烟草 基因组中首次发现一个活跃转座的MITE，拓展了人们对具转座活性植物种类 的认识范围，有助于充分认识