合成生物学行--讲稿.pptxVIP

合成生物学Synthetic biology;合成生物学是生物科学在二十一世纪刚刚出现的一个分支学科。 与传统生物学通过解剖生命体以研究其内在构造的办法不同，合成生物学的研究方向完全是相反的，它是从最基本的要素开始一步步建立零部件。 与基因工程把一个物种的基因延续、改变并转移至另一物种的作法不同，合成生物学的目的在于建立人工生物系统（artificial biosystem），让它们像电路一样运行。 ;合成生物学是指人们将“基因”连接成网络，让细胞来完成设计人员设想的各种任务。;由DNA重组技术到合成生物学;;人工合成脊髓灰白质炎病毒cDNA;Wimmer从装配平均长度为69 bp的寡核苷酸入手，结合了化学合成与无细胞体系的从头合成，用了3 年时间完成了这个划时代的工作。;Venter 实验室的合成基因组实验;φX174噬菌体合成步骤示意图;合成生物学国际会议;合成生物学开辟了设计生命的前景;应用示例;合成生物学带来的控制生命系统;维斯和阿诺尔（加州理工学院化学工程师）一起，采用“定向进化”的方法，精细调整研制线路，将基因网络插入细胞内，有选择性地促进细胞生长。 维斯另一项大胆的计划是为成年干细胞编程 促进某些干细胞分裂成骨细胞、肌肉细胞或软骨细胞等，让细胞去修补受损的心脏或生产出合成膝关节。;埃罗维茨（加州大学生物学和物理学教授）等人研究出另外一种线路： 当某种特殊蛋白质含量发生变化时，细胞能在发光状态和非发光状态之间转换，起到有机振荡器的作用，打开了利用生物分子进行计算的大门。 ;J. Craig Venter：基因组替换技术;人类历史上第一个人造染色体合成成功;这种新单细胞生物体被命名为“合成器”，受381个基因控制，包含56万个碱基对。这些基因是维持细菌生命所必备的，使它能够摄食和繁殖。由于新的生物体是在现存生物体上搭建，其繁殖和新陈代谢仍然依赖原来生物体的胞内机制。 按照实验计划，最终这个染色体将控制这个细胞并变成一个新的生命形式。 从某种程度上看，它并非完全意义上的新型生命形式。但这种给特定基因赋予特定任务的观点已被众多生物学家广泛接受。;2010年的重大科研事件 ???人造生命”诞生;《用化学合成的基因组构建一个细菌细胞》;Venter的实验//skhtmlnews/2010/6/1090.html;三个步骤：合成、组装和移植;组装： 因为合成生物学技术上的局限，不能直接合成上万碱基对的DNA大分子，所以Venter等人巧妙地借助啤酒酵母和大肠杆菌的帮助，把1Kb的DNA分子有序准确的连成超过1000kb的片段。 移植： Venter等把这个合成基因组移植到不含限制性酶切系统的山羊支原体中，基因组能使用后者的酶系统进行自我复制，经过多代繁殖后，长成的菌落已经纯粹由蕈状支原体组成。;用途：生物能源、生物除污…;合成生物学论文增长情况;合成生物学的内容;1. 生物大分子的合成与模块化;蛋白质的工程化改造与模块化;锌指结构;核酸分子的人工合成;Commercial DNA Synthesis Companies;DNA Synthesis (Caruthers method);Microarray oligonucleotide synthesis;2 生物基因组的人工合成、简化与重构; Venter小组实验鼠的线粒体基因组合成方法示意图;“最小基因组”和“必需基因组”;3. 合成代谢网络;4 遗传/基因线路的设计与构建;人工细胞群体图案系统遗传线路图; 目前，根据线路的功能主要可以分为两大类： 逻辑基因线路（模拟各种逻辑关系和数字元件的遗传线路） 功能基因线路（具有特定生物功能的遗传线路）。;5 细胞群体系统及多细胞系统研究;6 数学模拟和功能检测;合成生物学的工程本质;自上至下（逆向工程）和自下至上（前/正向工程）是合成生物学的过程化研究主要有两种策略。 自上至下策略主要用于分析阶段，试图利用抽提和解耦方法降低自然生物系统的复杂性，将其层层凝练成工程化的标准模块。 自下至上的策略通常是指通过工程化方法，利用标准化模块，由简单到复杂构建具有期望功能的生物系统的方法。;合成生物系统的模块化; 除了用标准化的功能模块作为承载功能的硬件外，还需要标准化的系统量化平台和抽象的概念信号作为承载功能的软件。为此，iGEM Registry提供了衡量和代表输入输出信号的标准——PoPS（RNA polymerase per second）和RIPS（ribosomal initiations per second）。;合成生物系统的层次化结构; 具有一定功能的DNA序列组成最简单的生物积块，称为生物部件（Part）；不同功能的生物部件按照一定的逻辑和物理连接组成复杂的生物装置（Dev