蛋白质分子大幅度构象变化的计算模拟研究-物理化学专业论文.pdf.docxVIP

复旦大学博士学位论文 复旦大学博士学位论文 摘要 摘 要 蛋白质是生物体各种生理过程的主要执行者。在生理条件下，不同蛋白质特 定序列的氨基酸长链能够折叠成特定的三维结构，行使其生理功能。因此漫长的 进化过程必然使蛋白质的结构具有功能意义。随着蛋白质结构测定技术的日益成 熟，越来越多的蛋白质三维结构被解析出来，这些结构信息揭示了很多重要生理 过程的分子机制，也为药物的研制提供了关键的理论基础。然而，随着当前结构 生物学和生物物理化学的逐步深入发展，人们发现仅有蛋白质三维结构的信息往 往不足以理解其生物学功能。这是因为结构解析给出的是单一的一个静态结构 (如晶体结构)，而蛋白质在行使其生理功能时往往会发生构象变化，产生一系 列瞬态构象。换言之，溶液中的蛋白质作为一种软物质可以在其平衡构象附近振 荡，甚至可以远离平衡构象，而晶体结构得到的只是蛋白质势能面上的一个点。 要全面理解蛋白质的功能和揭示生理过程的分子机制我们不但需要了解蛋白质 的静态结构，更需要了解蛋白质的结构柔性和各个瞬态构象之间的转换，即动力 学性质。因此需要在传统的结构生物学研究中加入时间的维度，将结构一功能关 系扩展到结构一动力学一功能关系的研究。蛋白质动力学行为的时间尺度很宽，其 涵盖范围从快速而局部性的原子波动到慢速而整体性的诸如蛋白质折叠的构象 变化。许多蛋白质分子实现其生物功能时都需要发生大幅度的构象变化，比如通 过线团(100p)结构的摆动和二级结构单元的运动实现对活性位点构象的调整或 者对底物分子进行识别，这类运动的时间尺度大致在纳秒到微秒(1旷到10由秒) 级别，运动幅度一般在1到5 A。更复杂的运动则往往需要通过结构域的整体运 动来完成，这种结构域间的相对转动和平动的时间尺度大致在微秒到毫秒(10击 到10．3秒)级别，运动幅度一般会达到5到10 A左右。各时间尺度上的运动从 原子振动到大幅度的蛋白整体运动会发生相互耦合，使得对蛋白质动力学和功能 关系的研究变得越发复杂。 和实验手段相比，计算机模拟方法在研究蛋白质动力学方面具有独特的优 势。只要有一个高精度的蛋白质实验结构作为起点，计算方法就能够“全面”地 描述蛋白质的动力学(以分子动力学模拟为代表)，我们可以跟踪单个蛋白质分 子在每个时刻每个原子的精确位置和相应的能量。尽管蛋白质不同的构象状态和 它们之间的转换速率可以通过实验方法检测，但是对构象之间转换路径上各个状 态的高精度描述却是实验无法达到的，因为这些状态都是寿命很短，出现几率很 低的高能构象。计算方法则可以克服这些局限。另一方面，计算机模拟中包含了 体系粒子之间的所有相互作用力和相应的能量，因此尽管实验方法可以告诉我们 蛋白质怎样运动，计算方法却可以告诉我们蛋白质为什么这样运动。目前计算方 复旦大学博士学位论文 复旦大学博士学位论文 摘要 法的主要缺陷是传统的分子动力学方法能够模拟的动力学时间尺度是皮秒到纳 秒范围，对蛋白质的一些慢速(微秒到毫秒)构象变化过程的模拟则非常困难。 为了克服这一困难，计算生物学家发展了多种方法和策略来简化力场或施加外力 以加速构象变化过程。 我们选取了三个大小构造不一但都能够发生大尺度构象变化的蛋白质体系 来研究结构单元和构象变化之间的关系。这些体系包括含有四个结构域的ABC 转运体蛋白输入体BtuCD和输出体MsbA、PSD．95蛋白中含有两个结构域的串 列体PDZl2以及脂质化修饰的膜融合SNARE蛋白Ykt6。在实际应用过程中， 除了常规分子动力学模拟之外我们也使用了靶向分子动力学模拟和正则模式分 析的方法，分别通过外加力场加速构象变化以及分析局域势能面形态的方式来获 得蛋白质体系大幅度构象变化的信息。 ABC转运体蛋白超家族在生物体中能够利用ATP分子结合和水解的能量实 现底物分子跨细胞膜的转运。转运的过程需要发生大幅度的构象变化，在面向内 (inward．facing)构象(孔道向内打开向外关闭)和面向外(outward．facing)构 象(孔道向内关闭向外打开)之间切换。ABC转运体蛋白由两个跨膜结构域与 两个核苷结合结构域组成，其运作的核心机制在于其跨膜