约克夏猪和金华猪甲状腺组织mrna lncrna和关mirna测序条及功能分析.docx

浙江大学研究生学位论文独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。 浙江大学研究生学位论文独创性声明 本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。 除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果， 也不包含为获得逝洹太堂或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工 作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。 学位论文作者始i如签字魄加f石年6月7日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解 逝江太堂 有权保留并向国家有关部门或机构送交本 论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权逝婆左堂可以将学位论文的 全部或部分内容编入有关数据库进行检索和传播，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保 存，汇编学位论文。 (保密的学位论文在解密后适用本授权书) 学位论文作者签名： f兜依 锄始之盼也 签字日期：如后年6月7日 签字魄2口／5年6月7曰 万方数据 本学位论文受以下项目资助： 本学位论文受以下项目资助： M诹．1et．7家族调控猪甲状腺发育的分子机制研究 (No．3 1272424) This work was supperted by the following fund： National Natural Science Foundation of China (No．3 1 272424) 万方数据 浙江大学博士学位论文 浙江大学博士学位论文 目录 目录 摘要 ．V ABSTRACT VII 缩略词表 X 1 文献综述 ．．1 1．1 甲状腺 1 1．1．1 甲状腺激素合成 l 1．1．2 甲状腺激素的释放和运输 2 1．1．3 甲状腺激素的调控 3 1．1．4 甲状腺激素的功能 5 1．2 microRNA研究进展 6 1．2．1 microRNA简介 ．6 1．2．2 microRNA的合成 ．7 1．2．3 microRNA的特征 一8 1．2．4 microRNA的作用机制 ．8 1．2．5 新microRNA的检测技术 8 1．2．6 microRNA的表达检测技术 ．9 1．2．7 microRNA与甲状腺 10 1．3 IncRNA研究进展 ．．12 1．3．1 IncRNA简介 1 2 1．3．2 IncRNA的分类 12 1．3．3 lncRNA的来源 13 1．3．4 lncRNA的特征 。14 1．3．5 IncRNA的作用机制 14 1．3．6 IncRNA与甲状腺疾病 1 7 1．4 高通量测序 1 7 1．4．1 高通量测序的优点 ．．17 1．4．2 高通量测序平台 ．．18 1．5 本研究的目的与意义 ．19 2 约克夏猪和金华猪甲状腺激素水平检测 20 2．1 实验材料 ．20 2．1．1 实验动物 一20 2．1．2 实验主要仪器 ．．20 2．1．3 实验主要试剂 ．．20 2．2 实验方法 ．20 2．2．1 血清甲状腺激素水平测定 一20 2，2．2 制备甲状腺组织石蜡切片 一20 2．23 石蜡切片HE染色 ．．2l 2．2．4 甲状腺球蛋白免疫组化 ．．2l 23 结果与分析 ．22 2-3．1 不同品种猪体型指数及血清甲状腺激素水平 ．．22 2．3．2 猪甲状腺组织形态学观察 一22 万方数据 浙江大学博士学位论文 浙江大学博士学位论文 目录 2．4 讨j仑 23 2．4．1 甲状腺结构 一23 2．4．2 瘦肉型猪与脂肪型猪甲状腺激素水平 ．．24 基于RNA．seq鉴定分析mRNA和IncRNA 25 3．1 实验材料 ．25 3．1。1 实验动物 25 3．1．2 实验主要仪器 一25 3．1．3 实验主要试剂 ．．25 3。2 实验方法 ．25 3．2．1 甲状腺组织采取 一25 3．2．2 总RNA提取 26 3．2．3 总RNA质量检测 26 3．2．4 RNA．seq文库构建 ．27 3．2．5 文库测序 ．．30 3。2．6 荧光定量PCR验证 30 3-3 测序数据处理及生物信息学分析 ．31 3．3．1 测序数据质量检测 ．．32 3．3．2 测序数据过滤 ．．32 3．3．3 基因组比对 ．．33 3．3．4 转录本组装 ．．33 3．3．5 已知mRNA的鉴定与分析 33 3．3．6 IncRNA的鉴定 33 3．3．7 新mRNA的鉴定 34 3．3．8 可变剪切分析 一34 3．3．9 mRNA和IncRNA表达水平分析 ．．34 3．3．10 GO和KEGG分析 ．．35 3．3．11 lncRNA的功能预测 35 3．3．12 IncRNA的基因组特征分析 35 3．4 RNA．seq结果与