生物信息学数据库.doc

生物信息学数据库简介 生物信息学数据库简介 目前网络上存在许多的生物学数据库,往往可以通过多个站点对同一数据库及其镜象站点进行访问，根据不同的需要使用不同的数据库。下面介绍的就是一些常用数据库： 1、DNA数据库： (1)GenBank：GenBank NT是比较完整的DNA序列数据库，由NCBI()维护。它和欧洲分子生物学实验室的EMBL、日本国立遗传研究所的DDBJ数据库每日更新，彼此补充，内容是完全一致的。GenBank包含了不同物种，不同来源和不同类型的核酸序列，包括mRNA、cDNA、基因组DNA，EST，GSS(Genome Survey Sequence,由基因组计划直接提交)等。 搜索Genbank可以有两种方式,用ENTREZ或BLAST进行搜索。这两种方法将会在后面予以介绍。不同的数据库采用的注释信息内容基本一致，但是格式不尽相同，GenBank与DDBJ的格式相同，EMBL不同。下表表示GenBank中主要字段的含义。 表1 GenBank数据库中主要字段的含义 GenBank字段含义 LOCUS序列名称、性质描述 ACCESSION序列接受号 DEFINITION简要描述 KEY WORDS关键词 SOURCE来源 ORGANISM来源分类 REFERENCE参考文献 AUTHORS参考文献作者 TITLE参考文献题目 JOURNAL参考文献出处 MEDLINE参考文献的Medline号 FEATURES序列的性质 COMMENT序列评述 BASE COUNT碱基数目 ORIGIN序列开始标志 //记录终止 (2)序列提交及更新：如果有新的DNA或RNA序列要向GenBank提交，可以用Sequin或BankIt工具。其中Sequin需要下载到本地，而BankIt则可以直接从网上进行提交，前者适用于提交大量序列，后者适用于提交个别序列。对已经提交的序列，也可以直接通过GenBank的网页提交修改，非常方便。 (3)基因及蛋白命名：如提交基因序列，一般需要给基因进行命名，可以访问人类基因命名委员会网页()，参考他们的命名建议，或可用电子邮件咨询他们的意见。蛋白的命名一般与基因相同。 2.蛋白质序列数据库 SWISS-PROT蛋白质序列数据库 蛋白质序列信息资源库 蛋白质数据库(NR) 其中，SWISS-PROT(SIB),PIR,EBI的蛋白质数据为整合到UniProt , 所以，可以说是最全的蛋白质注释数据库了。 3.蛋白质结构数据库 PDB蛋白质数据仓库(Protein Data Bank) 蛋白质结构分类数据库(Structural classification of proteins) 蛋白质数据库 Expert Protein Analysis System 常用生物信息学数据库和分析工具网址 网上生物信息学教程 EBI自修课程自修课程自修课程生物信息学常问的问题 生物信息学机构 NCBI Nucleotide Sequence Database Collaboration.Centre北京大学生物信息学中心 数据库信息发布及其它 GenBank Release Notes ftp：//ncbi.nlm.nih.go/genbank/gbrel.txt dbEST summary report release notes man?embl DDBJ release notes relnote.html Eukaryotic promoter database release notes release notes man?swissprot PIR release notes man?pir PRF release notes man?prf PDBSTR release notes man?pdbstr Prosite release notes man?prosite PDB release notes man?pdb KEGG release notes man?pathway 核苷酸数据库 GenBank(NCBI)核苷酸数据库(EBI)向EMBL数据库提交序列R gene database 启动子数据库 Eukaryotic promoter database 转录因子数据库 FRANSFAC 基因注释数据库 RAP-DB 基因分类数据库 Gene Ontology(GO) 蛋白质数据库 SWISS-PROT或TrEMBL 结构数据库 PDB Protein Database Nucleic Acids Database Plus Database 3Dimage 酶、代谢和调控路径数据库 KEGG Nomenclature Database Kinase Resource(PKR)多