腰岛素单体双体分子静电势的计算.PDF

~缕缕担 AOTA OHIMIOA SINIOA 1986, 41 125--132 腰岛素单体、双体分子静电势的计算 邵俊份 温元凯 〈上海科学技术大学化学系，上海) (中国科学技术大学化学系，合胆〉 李振民 (上海铁路局电子计算所，上海) 计算了三方二绊膜岛素晶胞不对称单位中两个展岛素分子单体及其双体的分子静电势.结果 表明:膜岛东两个单体分子的构象不同，其分子表面静电势也不相同.由于它们的构象是类似的p 所 以其电势分布也是接近的.单体膜岛素分子的表面静电势呈类偶极型分布，双体的表面静电势基本 保持单体的特征.文中还比较了两个单体分子及其集聚后的静电势变化. 分子静电势是研究分子，尤其是生物大分子的一个量子化学理论指数，近年来得到了广泛 的应用口，2J 通过计算可以得到分子在空间任何一点的静电势，为判断分子的整体性质，特别 是分子的反应活性提供了有用信息. 本文报道三方二钵膜岛素晶胞不对称单位中的两个膜岛素分于(分子 I、分子 II) 及其二 聚体分子表面静电势的计算结果. 计算原理和方法 分子静电势 V(r) 的定义为: V(r1) =~ (Z./Î1.) 一 f -Ei主主 dr2 (1) J Î12 式中 n 为空间任一点; Î1. 和俨12 分别是原子核a 和点 n至 n的距离; Z. 为原子核a 的核电 荷数; p(铲2) 是分子的电子密度分布函数:积分对民实行. ‘ 在量子化学的 LCAO 方法中，取定一组实基函数 {w，}， 则闭壳层分子的 ρ(的可表示为: ρ(铲)=~~~O川。轧(铲)φ，， (r)=~~PμAμ(铲)w，， (r) μ 式中的 Pp. 称为密度矩阵. 若采用 CNDO/2 中的基本近似WiW，， =δ川，那么，在 CNDOj2 方法中，分子静电势 V(伊) 可表示为: V(rl) =:~XZajÎl止~Pi1 r W~坠1 dr!l (2) J Î12 此时，式中的 z. 为原子a 的价层电子数. 在外于衰面前电势的计算中，分于表面点按文献[3] 确定.在这种条件下，通过计算证明， 式。)可以写为: 1984 年8 月 μ 日收到，修改稿于 1985 年5 月 18 日收到. .125. V(1l) - ~Q.jqla (3) 式中也是分子中原子a 所携带的净电荷数.关于上式的应用范围及近似等级的详细讨论司 参见前文[4) 这样，只要用 ONDOj2 方法求得分子中各原子所携带的净电荷数目，便可按式(3) 方便地 求得分于表面静电势. 膜岛素单体是由 790 个原于组成的分子，在求算式(3) 中的 Qa 时，可依照 Pullmann 等 所采用的方法阻，按