长非编码RNA的功能注释.PDF

长非编码RNA的功能注释 The function annotation of long noncoding RNA 报告人：G07杨德昌 组员：王宇、聂维、尚文浩 lncRNA是什么？ • 长度大于200bp且不编码蛋白的RNA lncRNA的功能 • lncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞 周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥 重要作用 • 四种lncRNA的 经典作用机制： 为什么要进行注释 • 虽然lncRNA大量存在，但目前为止其功能研究清 楚的lncRNA还不到百分之一 • 为了研究清楚lncRNA的功能和作用机制，便需要 对现有的lncRNA进行归纳整理和对未知的lncRNA 进行功能预测——注释 • 已有的工作： lncRNAdb——人工文献阅读 Noncode——旨在建立最完整的lncRNA集合和基 本注释 我课题是对lncRNA进行全面而准确 的注释，甚至尚未发现的新lncRNA 今天我主要介绍几个和课堂知识紧密联系的方面 • 1、利用blast类似工具——blat来进行lncRNA的基 因组定位 • 2、通过GO数据库以及lncRNA的共表达基因来研 究lncRNA的功能通路 • 3、注释lncRNA在演化方面的保守性 • 4 、利用RNAfold对lncRNA进行二级结构预测 • 5、探究lncRNA的三维结构预测以及三维结构的 可视化 1、利用blast类似工具——blat来 进行lncRNA的基因组定位 • 序列比对➔ncbi的blast工具➔blat • gfServer • gfClient 2、通过GO数据库以及lncRNA的共 表达基因来研究lncRNA的功能通路 • 共表达：皮尔森相关系数 • 我们可以得到和某个lncRNA共表达的许多基因， 一般分为两部分，正相关和负相关的基因集合， 然后对这些共表达的基因进行GO富集分析 3、注释lncRNA在演化方面的保 守性 • 多物种多序列比对中Way 的概 念——46-way 的maf格式文件 • 系统发生树 • PHAST软件包分析——phyloP 和phastCons • 便可以得到人类全基因组位置上每个碱基的 phyloP的得分和保守元件的位置 • 由于第一步中我们已经得到lncRNA的基因组坐标 的位置，只需查询该坐标内的得分和元件信息 4 、利用RNAfold对lncRNA进行二 级结构预测 • RNAfold是RNA二级结构预测中非常常用的软件， 属于著名的ViennaRNA软件包中的一个工具，基 于最小自由能的方法进行预测 5、探究lncRNA的三维结构预测 以及三维结构的可视化 • 二级结构和三级结构同样都和lncRNA的功能有着 很大的关系，但是三级结构的预测难度却要大很 多，以前蛋白质的三级结构预测的时候，罗老师 曾讲过，有三种方法，1、基于序列2、比较基因 组学（从别的物种的同源已知结构来做）3、二 者结合。但是lncRNA的研究，并不具备这种条件， 大家只能基于序列和预测的二级结构来做三级结 构的预测，辅以质谱,X射线的实验数据来验证 /3dRNA http://rnacomposer.ibch.poznan.pl/