二倍体棉中富含甘氨酸rbp家族的鉴定及进化和表达分析细胞生物学专业论文.docxVIP

分类号 分类号 密级 华中农业大学硕士学位论文 二倍体棉中富含甘氨酸RBP家族的鉴定 及进化和表达分析 Genome．wide identification，evolutionary and expression analysis of the RNA--binding glycine—rich protein in diploid ltton famiy‘Diploidtamiy in lplOld C0tton 研究生：杨文翠 学 号： 2012304110105 指导教师： 周竹青教授 宋国立研究员 专业：细胞生物学 研究方向：棉花功能基因研究 获得学位名称：理学硕士 获得学位时]Bv百-J．2015年6月 华中农业大学生命科学技术学院 二。一五年六月 万方数据 华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文 华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书 学位论文 是否保密 香 如需保密，解密时间 年 月 日 I 独创性声明 sIlYlLIIIl2llIIl8llIIll0IIM3lllll2UIIqMOl9IIIIII 本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成 果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发 表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书 而使用过的材料，指导教师对此进行了审定。与我一同工作的同志对本研究所做的任 何贡献均已在论文中做了明确的说明，并表示了谢意。 研究生签名：拍主鲜 时间：妒廖 年‘ 月7 日 学位论文使用授权书 本人完全了解华中农业大学关于保存、使用学位论文的规定，即学生必须按照学 校要求提交学位论文的印刷本和电子版本；学校有权保存提交论文的印刷版和电子版， 并提供目录检索和阅览服务，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位 论文。本人同意华中农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全 部或部分内容，为存在馆际合作关系的兄弟高校用户提供文献传递和交换服务，同时 本人保留在其他媒体发表论文的权力。 注：保密学位论文(即涉及技术秘密、商业秘密或申请专利等潜在需要提交保密的论 文)在解密后适用于本授权书。 学位论文作者签名：钙安翠 导师签名：阀钓焉 签名日期：；loft年6月7日 签名日期：ao fF年∥月矿日 万方数据 二倍体棉中富含甘氨酸RBP家族的鉴定及进化和表达分析目 二倍体棉中富含甘氨酸RBP家族的鉴定及进化和表达分析 目 录 摘要 i Abstract ．．．． ．．．．．． ．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．． ． ．．． ． ．．．．． ．．．．．．．．．．．．． ．． ． ．．ii 缩略词表 ．．iv 1．前言 一1 1．1植物中的GRP蛋白 1 1．2植物中的RBP蛋白 2 1．3 RB．GRP基因家族 ．．3 1．3．1 RB—GRP基因家族的分类 3 1．3．2 RB—GRP基因家族的功能 3 1．4棉花基因组测序 ．7 1．5本研究的目的和意义 ．8 2．材料与方法 lO 2．1数据来源 ．．10 2．2实验材料 ．．10 2．3生物信息学分析 一10 2．3．1隐马尔科夫模型的使用以及家族基因的鉴定 ．10 2．3．2基因家族的分类和命名 10 2．3-3基因在染色体上的物理分布 ．1 l 2．3．4系统进化树的构建 ： 11 2．3．5 intro／exon比较分析 l 1 2．3．6共线性分析 ．1 1 2．3．7 Ka／ks值计算 12 2．4表达量分析 一12 2．4．1不同胁迫条件下材料处理 12 2．4．2 RNA提取以及反转录实验 12 2．4．3 PCR相关 ．．12 3．结果和分析 13 3．1亚洲棉和雷蒙德氏棉RB—GRP基因家族的全基因组分析 13 3．1．1距洲棉和雷蒙德氏棉RB—GRP家族基因的鉴定 ．13 3．1．2亚洲棉和雷蒙德氏棉中RB．GRP家族基因的染色体分布 14 3．1．3系统进化树分析 15 万方数据 华中农业大学2015届硕士研究生学位(毕业)论文3．1．4鉴别直系同源基因和旁系同源基因 华中农业大学2015届硕士研究生学位(毕业)论文 3．1．4鉴别直系同源基因和旁系同源基因 17 3．1．5亚洲棉和雷蒙德氏棉基因组中RB．GRP基因结构分析 ．20 3．1．6 RB．GRP家族基因在亚洲棉和雷蒙德氏棉基因组的共线性分析 一21 3．1．7亚洲棉和雷蒙德氏棉中RB．GRP直系同源基因的选择压力分析 23 3．2不同胁迫条件下表达量分析 24 3．2．1 ABA处理下的亚洲棉和雷蒙德氏棉RB．GRP基因的表达差异 24 3．2．2 NaCl处理下的亚洲棉和雷蒙德氏棉RB．GRP基因的表