并行生物序列算法设计与优化计算机科学与技术专业论文.docxVIP

山东大学硕士学位论文3．4 山东大学硕士学位论文 3．4 ARCS算法的贡献与总结 33 第四章总结与展望 ．34 4．1工作总结 ．．35 4．2未来展望 ．．35 4．2．1利用GPU和MlC加速蛋白质序列比对 35 4．2．2设计针对第三代测序数据的拼接算法 36 参考文献 ． 致{射 ．41 攻读学位期间发表的主要学术论文 42 万方数据 山东大学硕士学位论文CoNTENTS 山东大学硕士学位论文 CoNTENTS Chinese Abstract ．． I EngIish Abstmct 。 lⅡ Chapter l IntmductioⅡ ¨ l。l Protein Sequence Alignment ．．1 1．1．1 Rescarch Ba蛔und ．1 1．1．2 CLlrrent Research StatLIs 4 1．1．3 Research C伽惦nt 5 1．2 Genome Assembly 6 1．2．1 Ibs既rch Backgro岫d 。6 1．2．2 Research St咖s ．8 1．2．3 Research Content 。10 1．3 O玛拍ization ofthis paper ．11 Chapter 2 Pmtein Sequence舢ignment Algorithm based on Intel X∞n Phi “12 2．1 In仃oduction ofIntel MIC Architecture ．12 2．2 Algoritllm of PROSITE Database AlignIIlent ．14 2．3 Parallelized Design and Optimization of XPFS ．17 2．3．1 Execution Flow ofXPFS ．18 2-3．2 Design柚d optiIll溉ion 一1 8 2．4 Pe墒mallce EValuation and Analysis 22 2．5 Con仃．bution粕d Summary ofXPFS 23 Chapter 3 Genome AssembIy for N旺t-generation Sequencing ．25 3．1 ARCS Genome Assembly ．25 3．1．1 IIl仃oducti明ofARCS 一 ．25 3．1．2 Execution F10w ofARCS Algorithm 25 3．2 Pe墒rnlance Optim泣ation ofARCS 一29 3．3 Perf．onllance EValuation and Analysis 32 万方数据 山东大学硕士学位论文3．4 山东大学硕士学位论文 3．4 Conn唷bu『tion and Summarv 33 Chapter 4 Conclusion and Future Wbrk ．．34 4．1 Conclusion ．．35 4．2 Funlre W6rk ．．35 4．2．1 Usil培GPU锄d MIC to Accelerate PmteiIl Ali印ment 35 4．2．2 11l砌-g朗eration Sequencillg 36 Refbrences ．37 Ach们Ⅳkd詈emeⅡts PubIished Academic Paper 。 42 万方数据 山东大学硕士学位论文摘要 山东大学硕士学位论文 摘要 并行计算是解决单处理器速度瓶颈的最好方法，它能充分利用计算机硬件资 源，实现程序的高效执行。它的研究方向包括：计算机并行硬件平台、并行软 件、并行算法等。 目前并行计算的现状是：并行算法发展的速度不及并行硬件性能增长的速 度，一些现有的并行算法无法高效的利用并行硬件资源。高效并行算法的缺乏是 发展并行计算很大的障碍。这种现状的一个很重要原因是并行算法的设计和优化 要比串行算法复杂得多，例如计算子任务的划分、负载均衡、并行任务之间的通 信和同步等。每一部分的设计都会影响算法最后的性能。所以研究如何设计出高 效的并行算法具有重要意义。 我们选取了生物信息学领域中的两个基础课题：蛋白质序列比对和DNA序列 拼接，进行研究。它们是生物信息学领域最基础的课题之一，也是难度较大但十 分有意义的课题，很多其他的课题都需要依托这两个基础算法。DNA序列是由4 种碱基组成(ATCG)，蛋白质序列包含20种氨基酸(锄in0 acid)，从计算机角 度来看它们都是由一串字符组成。但根据实际操作的不同，我们需要采取不同的 加速优化策略。 序列比对是生物信息学的基本组成和重要基础。它的基本思想是基于生物学 中序列决定结构，结构决定功能的普遍规律。通过检测序列之间的相似性，发现