三角帆蚌HcTyp-1基因珍珠层颜色性状相关SNP筛选及图谱定位.PDFVIP

第43 卷 第 2 期 水 产 学 报 Vol. 43, No. 2 2019 年 2 月 JOURNAL OF FISHERIES OF CHINA Feb., 2019 文章编号: 1000-0615(2019)02-0467-07 DOI: 10.11964/jfc.20171111066 三角帆蚌HcTyp-1基因珍珠层颜色性状相关 SNP筛选及图谱定位 1 1 1,2 1,2* 陈夏君， 韩学凯 ， 白志毅 ， 李家乐 (1. 上海海洋大学，农业部淡水种质资源重点实验室，上海 201306 ； 2. 上海海洋大学，上海市水产养殖工程技术研究中心，上海 201306) 摘要：本实验室根据前期研究发现，HcTyp -1基因可能参与了三角帆蚌贝壳珍珠层颜色 的形成。本实验根据HcTyp-1基因cDNA设计引物，比较筛选获得了8个SNP位点并分析了 这些位点与内壳色的相关性，然后对HcTyp -1基因进行了图谱定位。通过研究这些多态 性位点与贝壳珍珠层颜色性状相关性发现，C+3057T位点基因型仅在a参数上存在显著差 异，G+2985T 和T+3006C 2 个位点基因型分别在L 、b 及a 、dE 上存在显著差异，A+ 2834C 、C+2919T和G+2986T这3个SNPs位点基因型在L 、a及dE上均存在显著差异。连锁 不平衡结果显示，HcTyp-1基因上除C+2912T、C+2983A这2个位点，其他6个位点具有显 著差异，位点之间都存在强连锁不平衡。单倍型分析结果显示，单倍型T2和T4在白色群 体中出现的频率极显著高于在紫色群体中出现的频率，T6和T8两种单倍型在紫色群体中 出现的频率极显著高于白色群体。因此HcTyp -1基因的部分SNPs可作为三角帆蚌不同内 壳色贝壳辅助育种的候选分子标记位点。另外，本研究还将HcTyp -1基因定位在三角帆 蚌LG16连锁群上，这为进一步解析该基因调控珍珠颜色形成的分子机制奠定了基础。 关键词: 三角帆蚌；HcTyp-1 ；珍珠层颜色；SNP ；相关性 + 中图分类号: Q 785 ；S 966.22 1 文献标志码: A 三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)是我国特有的 [6] 其分为几种分型 。酪氨酸酶类似蛋白的具体功 淡水珍珠贝，它能够培育出品质优良的淡水珍 能尚存在争议，经过对小鼠(Mus musculus )该蛋 珠，并且珍珠产量大约占全国珍珠产量的80% ， 白的研究表明，其具有二羟基吲哚酸氧化酶活 [ 1] 因此在淡水珍珠产业中具有相当重要的地位 。 [7] 性，且对黑色素合成下游途径有一定影响 ，从