生命科学前沿进展基因组学、比较基因组学和宏基因组学.pptVIP

基因功能研究 1、计算机预测基因功能 依据仍然是同源性比较。同源基因拥有一个共同的祖先基因，它们之间有许多相似的序列。 种间同源基因 种内同源基因 基因功能确认 2、实验确认基因功能 基因克隆 基因敲除（knock-out） 基因的超表达 反义RNA技术 RNAi 转座子插入突变 * * * 人类基因组计划（Human genome project, HGP）用了大约10年的时间，各国政府相继投入了几十亿美元，才完成了人类个体全基因组序列的测序工作。而2005年以来，出现的新一代测序技术，却可在1个月内，花费十几万美元就可完成一个人类个体全基因组序列的测序工作。现在，美国、欧洲等各大生物技术公司、大型生物医药研究机构等投入大量的人力物力开始了新一轮的下一代测序技术的技术竞赛，力争实现1000美元完成一个人的全基因组序列的测序，加速个人基因组时代的到来。 下一代测序技术又称为二代测序技术，其代表技术为罗氏公司(Roche)的454测序仪(Roche GS FLX sequencer), Illumina公司的Solexa基因组分析仪(Illumina Genome Analyzer)和ABI的SOLiD测序仪(ABI SOLiD sequencer)。它们的共同特点为： 1.集成了生物医学、计算机、微电子学、光学、材料科学和精密加工等多学科技术。例如，Roche GS FLX sequencer的图像采集技术就借鉴现代天文望远镜的光学系统技术，即超高分辨率的CCD集成光纤束技术。 2.测序策略主要基于循环芯片测序法（Cyclic-array sequencing），即制备DNA文库，单分子扩增，在固相载体上形成DNA簇阵列，并行地利用DNA聚合酶或者连接酶进行酶促反应（模板变性、引物退火杂交、延伸或连接），同时读取反应产生的特异性荧光信号，最终得到超大量的DNA序列信息。 3.高通量并行测序。例如，Roche GS FLX sequencer一次就可对上百万条DNA分子同时进行序列测定，一次运行通量达到400Mb以上，而传统测序（一代测序）一轮测序的通量仅为80Kb左右。 4.单分子测序。传统测序（一代测序）是对多个DNA分子的混合物进行测序，其测序结果是多个DNA分子综合的序列信息；而二代测序先对单个DNA分子进行PCR以放大DNA分子数量（相当于单个DNA分子的克隆复制），再对这些DNA分子进行测序，就可以得到原来单个DNA分子的序列信息。 下一代测序技术竞赛的目标就是如何花费1000美元在几天内就能对一个人的全基因组进行测序。目前二代测序技术还做不到这一点。要实现这个目标，必须发展出比二代测序技术更高通量，更加便宜的测序技术（三代测序技术）。这需解决三个技术难点： 1 不需要制备DNA文库及对DNA片段进行单分子扩增。 由于荧光分子信号强度及CCD对荧光信号的检测灵敏度等方面限制，测序时还不能有效地实现对单个荧光分子信号的检测，需要制备DNA文库及对DNA片段进行单分子扩增，放大测序反应时的荧光信号。但文库制备等步骤增加了测序所需成本及时间。 2 更快的测序速度。 目前的二代测序技术需对测序反应中每一步碱基延伸进行控制，例如每一步反应后反应残留物洗脱，荧光基团去除等。因此二代测序对一个DNA分子的测序速度明显低于传统测序。要达到或超过传统测序的速度，很可能需要全新的测序策略才能解决。 3 更高的测序并行度。 二代测序是基于荧光信号进行检测，测序并行度会受到光衍射极限的限制。一般而言，二代测序反应所需的微球直径越小，一轮测序反应能够检测到的DNA分子就会越多，但微球直径接近1μm时，就会受到光衍射极限的限制。不过目前测序并行度并未受到光衍射极限的限制，还有很大的提高空间，这需要开发出更高分辨率的CCD等方面配合。 已经在研发的三代测序技术部分克服了以上难点。如：HeliScope测序仪无需对基因组进行扩增，采用极高灵敏度的荧光检测仪识别测序时的荧光信号。Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT?) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）也无需对基因组进行扩增，而且测序速度很快。这种技术将单个DNA聚合酶固定在一种直径只有几十纳米的孔中，无需对每一步测序反应（碱基延伸）进行控制，充分利用DNA聚合酶的特性，实现高速测序以及超长片段测序。ABI（Ion Torrent）新一代测序仪则利用硅芯片检测测序反应时氢离子的转移。由于不需要荧光标记，