Materials Studio 快速入门教程.ppt

可以操纵该3D结构，例如编辑、缩放、平移、旋转等。 将苯环上的一个H原子改为甲基。左键单击三个H原子中的一个，颜色变黄，表示已选中。点击Modify Element 按钮 的选择箭头，下拉菜单中有不同的元素，选择C，这样苯环上的H原子就变成了C原子。 H原子就变成了C原子 单击 Adjust Hydrogen 按钮 ??，将3个H原子加到新的C上；单击Clean按钮 ，初调结构。 单击 Commit Edit To Study Table按钮 ，然后用 关闭 Study Table Detail View 。 * ppt课件 4. 从Project Explorer 中插入分子模型 分子模型建好后，可以将其插入到研究表格中。如将前面作好的my-benzamide分子插入研究表格，过程如下： 在Project Explorer 中单击研究表格，使其成为当前文档，然后在要插入的my-benzamide文件名上单击右键，选择Insert Into。则建好的分子结构插入到表格的最后一行中。在研究表格中双击my-benzamide，则出现其3D结构。 * ppt课件 6. 基本描述符的计算 研究表格的顶头一行，包含了列标A、B等单元格，被称为列头。第二行，包含了对该列内容的描述，例如“Structure”，被称为列描述。 当计算完多个模型的性质之后，其值会出现在研究表格中。 例如，在研究表格中双击 ， 则出现my-benzamide的3D结构。 然后在Model 按钮 右侧的下拉选项中，单击QSAR Job…，设置见右图，用本地机计算。 5. 研究表格支持的其它文件格式 研究表格也支持3D 周期体系，如晶体和无定型晶胞结构；支持图表文件、轨迹文件(.xtd)文件的输入，轨迹文件的每一个桢都会放置到研究表格的一行上。 注意：研究表格不支持Mesoscale 文件。 * ppt课件 然后在 按钮右侧的下拉选项中，单击的Model。在出现的对话框中，选择Output列的Element Count；按下Ctrl 键，再选择Atom count 。 注意：进行Element Count 计算时默认选项为计算分子中碳原子的数量，要改变默认，可双击Element Count 条目，也可单击对话框右上角的Edit Model按钮 ，在弹出的对话框中，打开Input 部分，选择要计算的元素；类似的操作对于其他计算同样有效。这里选O原子。Save后，关闭此对话框。 * ppt课件 如图，排列激活顺序。否则Run是灰色的，处于非激活状态。单击 Run 按钮， 几秒钟后出现任务完成信息，点击上面的OK，再关闭对话框。 1 3 2 * ppt课件 计算结果出现在 D、 E两列中，显示my-benzamide 分子共有16个原子，其中1个是O原子。 * ppt课件 利用研究表格，可以同时计算A列中所有的结构。 选择列A（单击研究表格上的A，整个列变成蓝色，表示被选中，任何时候都可以使用Esc 键取消选择）。 在所有3D文件都被选中的情况下，单击QSAR Models 工具栏的Model 按钮 ，在出现的对话框中，选择Output列的Element Count；按下Ctrl 键，再选择Atom count 。 * ppt课件 双击Element Count 条目，也可单击对话框右上角的Edit Model按钮 ，在弹出的对话框中，打开Input 部分，选择C原子，恢复默认 （进行Element Count 计算时默认选项为计算分子中碳原子的数量）。Save后，关闭此对话框。 单击 Run 按钮， 几秒钟后出现任务完成信息，点击上面的OK，再关闭对话框。 * ppt课件 计算结果出现在 B、 C两列中，分别显示各个分子中的原子数和其中的碳原子数。如果计算前B、C列已存在，则显示结果的列顺延为D、E。 * ppt课件 7. 处理研究表格中的数据 左键单击B，选择列B。选择Study Table Viewer 工具栏上的Filter Selection按钮 ，则只有列B被显示，其它部分都被去除。此方法适合于表格内数据非常多的情形，使用此方法可以清楚地看到所需要的内容。此命令对于某行来说同样有效。 * ppt课件 如果工具栏中没有 ，则用下面步骤显示Study