基于转录组信息的陆地棉coker312EST-SSR引物的开发及评价-NSFC.DOC

基于陆地棉茎尖转录组序列的genic-SSR标记的开发与评价 高阳1，2，王芙蓉2，刘国栋2，张景霞2，张传云2，张军基金项目：1. 基金项目：1.国家自然基因项目；2.转基因生物新品种培育重大专项（2014ZX08005-003-004）； 3.“十二五”农村领域国家科技计划课题（2013BAD01B03-03）；4. 山东省农业良种工程项目农业生物资源创新利用课题 作者简介：高阳，硕士研究生。研究方向：植物发育遗传。E-mail: jlgy0909@163.com 通讯作者：张军，博士，研究员。研究方向：分子育种。E-mail: HYPERLINK mailto:scrczj@； scrczj@；zj0928@126.com （1山东师范大学生命科学学院， 济南 250014；2农业部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点实验室／山东棉花研究中心，济南，250100，） 摘要：利用软件MISA和SSR Locator 对陆地棉（Gossypium hirsutum L.）Coker312茎尖转录组测序得到的73515条Unigene序列进行分析，查找到4507个SSR位点，分布于4039条转录本序列中，SSR出现频率为5.5%，非编码区的SSR位点要显著高于编码区（2853/1654）。SSR重复基元中，三核苷酸重复基元占主导地位（51.03%），且AAG/C