全基因组甲基化差异分析发现全基因组甲基化差异-中国科学杂志社.PDF

全全基基因因组组甲甲基基化化差差异异分分析析发发现现OOSSBBPPLL55甲甲基基化化异异常常可可能能在在SSiillvveerr--RRuusssseellll 合合征征中中有有致致病病作作用用 吴迪, 巩纯秀 and 苏畅 Citation: 中国科学: 生命科学 4488, 953 (2018); doi: 10.1360/ N052018-00128 View online: /doi/10.1360/ N052018-00128 View Table of Contents: /publisher/scp/j ournal/SSV/48/9 Published by the 《中国科学》杂志社 AArrttiicclleess yyoouu mmaayy bbee iinntteerreesstteedd iinn 水稻基因组DNA胞嘧啶甲基化在单倍体和对应二倍体间的差异 Chinese Science Bulletin 5511, 1529 (2006); 高压导致水稻变异品系发生DNA 甲基化模式及基因组结构的改变 Science in China Series C-Life Sciences (in Chinese) 3355, 490 (2005); 人类基因组CpG岛甲基化概况的预测 Chinese Science Bulletin 5555, 1329 (2010); 一种检测鸡基因组 甲基化的新方法: F-MSA P Chinese Science Bulletin 5500, 1874 (2005); 牛体外受精胚胎的基因组 甲基化模式 Science in China Series C-Life Sciences (in Chinese) 3366, 340 (2006); 中国科学: 生命科学 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2018 年 第48 卷 第 9 期: 953 ~ 961 SCIENTIA SINICA Vitae. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 论 文 儿童罕见病专辑 全基因组甲基化差异分析发现OSBPL5甲基化异常 可能在Silver-Russell综合征中有致病作用 * 吴迪, 巩纯秀 , 苏畅 国家儿童医学中心, 首都医科大学附属北京儿童医院内分泌遗传代谢科, 北京 100045 * 联系人, E-mail: chunxiugong@ 收稿日期: 2018-06-15; 接受日期: 2018-07-08; 网络版发表日期: 2018-09-06 国家自然科学基金(批准号:、首都医科大学基础-临床科研合作基金(批准号: 14JL75)和金赛儿科中青年内分泌医师科研基金资助 摘要 Silver-Russell综合征(SRS)是一组临床和遗传异质性疾病. 主要临床表现为低出生体重、严重矮小、极低 BMI、三角脸、肢体不对称等. SRS是表观遗传疾病的典型代表. 38%~62%患者有染色体11p15IGF2-H19基因簇 印记控制区1 (ICR1)低甲基化, 7%~10%患者有第7号染色体母源单亲二倍体(UPD7(mat)). 另有约40%病因不清. 本研究通过Illumina Methylation 450K芯片检测全基因组甲基化差异分析, 旨在了解是否存在与SRS致病性相关 的未知基因或印记基因, 以及能否通过全基因组甲基化检测精细定位SRS低甲基化位置. 选取临床确诊的7例SRS 患儿, 其中MLPA方法发现甲基化异常2例、未发现异常5例. 年龄匹配的正常儿童5例作对照, 通过Illumina 450K Infinium Methylation BeadChip芯片检测全基因组甲基化位点, 并用经典的焦磷酸盐测序及数字PCR定量2种方法 进行验证. 甲基化位点探针筛选差异位点的标准同时满足: Adjust Pval≤0.05, 如果Adjust Pval≥0.05, 则参考校正 之前的Pval, 该数值需要≤0.05; casevs. controlBeta-Difference不小于0.2. 即|Beta-Difference|≥0.2. 在484821个探针 位点中共筛选出116个差异性甲基化位点. 通过GO Pathway功能分析, 本芯片研究再次证实经典的H19