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                GCBI云平台使用手册.doc
                    GCBI是什么?
Gene-Cloud Biotechnology Information是他的全称,如果非要给他一个定义的话,那就是一个带你发现更多的地方,是创造和发现基因知识的地方。他可以带你发现基因的新特征,创造不同的机体状态下的新基因组合;他像一本字典,浅显易懂,随手可翻,却追述着每一个基因的历史和发展,承载着未来的变迁。
每一份基因的数据伴随着不同的组合和一次次的深度挖掘关联,总能给我们带来一些意想不到的结果。
他可以带你发现惊喜。GCBI像是一个「五魔方」拥有近乎「无限」的可能,每一种可能的实现,都是来自每个模块之间不同的组合而带来不同的惊喜。
GCBI 像生命一样不断成长,其能量源泉是用户疯狂注入的基因大数据,是指数式飞升的医学新知识,是基因领域不断变革的新技术。GCBI 吸收了大数据、新知识和新技术,输出的是医学创新的动力引擎。
更新内容
文档版本 0.9.8
1、基于GCBI v1.0.1 RC版撰写
第一步 概况
输入:「WWW.GCBI.COM.CN」
(图一)
图一中Pubmed:文件搜索与关联工具。用户可以通过关键词或词组检索相关的文献。
图一中Dictionary:词典工具。用户可以输入基因、蛋白等信息的名称或者别名完成检索。
图一中Sample:样本库。用户可以输入组织、疾病、物种或者词组关键词等信息完成检索。
第二步 如何筛选
(图二)
  一般筛选区; 
一般筛选区可以帮助客户筛选如:研究层次、影响因子、发表时间、在线全文等客观选项。
  高级筛选区;
高级筛选区可以根据用户想要了解的特定基因、特定作者、以及研究背景做出精准的筛选,如果需要文章中带基因数据用来分析则可以选择「包含基因」选项来过滤。如图三至图四
(图三,对特定「BRCA2」的筛选)
(图四,对研究背景「Genome-wide association studies」进行筛选)
当然这些筛选设置还可以同时使用以更加精准的找到你的所想。图五
对自己看过的文章GCBI还支持收藏功能,点击文献做出的星星便可以收藏到自己的文库中,详见(详见如何注册)
(图五,采用了三种筛选方式来缩小范围)
第三步 如何获得更多信息
通过上面的两部我们已经能够掌握,如何通过基础筛选和高级筛选缩小范围,从而更加精准的找到我们需要的内容,下面将教大家如何快速的查看文章并且捕获有用的信息。
(图六)
点开其中个搜索结果我们发现如「图六」,GCBI给出了这篇文章研究的关键基因「BRCA1」,与我们搜索时想要关注的基因一致,可以阅读「Abstract」栏来大致了解研究内容是否一致。若相符可点击页面上的「Free full text」来阅读全文如「图七」。
(图七)左侧为文章内容,右侧为文章目录
3.1 如何找到关键基因
除了查看全文,GCBI还自动关联了,文章中的关键基因名称以及基因的简要描述,还关联了文章中所采用的样本数据信息和样本的描述。(如图八、图九)
(图八)
(图九)
如果GCBI并未自动匹配到您需要的关键基因,您可以使用基因的名称、关键词以及别名通过GCBI的「Dictionary」进行查询,详情请查看。
(图10)此图为基因词典页面。
3.2 如何查看基因详情
我们可以通过GCBI的「Dictionary」或者直接通过结果页面点击进入。
(图11)
   绿色方框:目标基因的基本信息描述.
   红色方框:目标基因的通路、转录组、小RNA、SNP、文献、浏览器等信息。(如图12-12.5)
   蓝色方框:目标基因的与之相关的其他信息,如SNP、mRNA、Gene和蛋白,而柱状图可以显示出与此基因相关的SNP数量。
(图12)与目标基因相关的信号通路,点击相关通路可以查看。
(图12.1)转录本信息
(图12.2)小RNA信息
(图12.3)SNP信息
(图12.4)文献信息
(图12.5)基因浏览器
3.3 如何查看样本信息
如何查找与自己研究方向接近的样本做分析或者验证自己的方向?上面我们介绍了,用户可以通过文章、基因的信息在GCBI关联到相关的基因,也可以通过「Sampler」输入样本的关键词来检索。我们推荐用户在搜索样本的时候可以通过某个特定基因或者文章进行关联性搜索。我们还是以上面提到的信息为例子。
以Lung Caner为例在GCBI「Sampler」搜索了相关样本,并使用高级筛选来缩小范围,准确的找到需要的目标样本,图中选择了检测平台筛选,当然还可以选择物种、样本特征的描述来做更细致的筛选。(如图13)
(图13)
选中符合自己的样本做一次实验的预演。(如图14)
(图14)
3.4 如何在线分析
上面讲到可以从GCBI的样本库中直接加入自己的实验室,也可以自己上传数据进行分析,下面我们就对如何上传自己的数据进行分析入手。首先我们现拥有
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