基于多源数据的miRNA调控模块识别算法研究-计算机科学与技术专业论文.docxVIP

The The Research on Algorithm of Identifying miRNA Regulatory Modules Based on Multi．source Data by LIU Bin B．E．(Zhej iang University of Media and Communications)20 1 3 A thesis submitted in partial satisfaction of the Requirements for the degree of Master of Engineering Computer Science and Technology in the Graduate School of Hunan University Supervisor Professor LU0 Jiawei May，2016 万方数据 湖南大学学位论文原创性声明 湖南大学 学位论文原创性声明 本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取 得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何 其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡献 的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法 律后果由本人承担。 作者签名： 事l】茭研 日期：2,o』红尘月；d日 学位论文版权使用授权书 本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学 校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被 查阅和借阅。本人授权湖南大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入 有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编 本学位论文。 本学位论文属于 1、保密口，在——年解密后适用本授权书。 2、不保密团。 (请在以上相应方框内打“／”) 作者签名： 列磷 日期：2,01 6年岁月雩口日 导师签名： 日期：zo m b i-岁月p日 万方数据 基于多源数据的miRNA调控模块识别算法研究摘 基于多源数据的miRNA调控模块识别算法研究 摘 要 随着生物科技的迅猛发展，大量生物组学数据的出现，为研究生物分子功能 提供了有力的支撑。如何利用这些生物数据挖掘出人类所需的信息成为研究人员 前所未有的挑战。结合miRNA调控关系和蛋白质相互作用关系来识别miRNA调 控模块，对于理解复杂生物系统中的分子组合效应、揭示导致复杂疾病发生的重 要的miRNA和靶基因具有十分重要的意义。 针对目前大多数miRNA调控模块识别算法需要提前设定模块数目这一问题， 本文提出一种基于多类型数据的miRNA—mRNA调控模块识别算法MiRMD (miRNA-mRNA regulatory modules detection)。该算法首先通过整合表达谱数据、 绑定位点信息等创建miRNA调控网络，然后检测该调控网络中联系紧密的核结 构，再通过给各个核添加满足相应要求的miRNA和mRNA来扩充成为调控模块， 最后过滤掉重叠率较高的模块。通过在三种癌症数据集上的实验发现相对于其他 两种算法，MiRMD识别出的模块具有更好的MiMEC(miRNA—mRNA expression correlation)值和更加显著的GO富集性。而且MiRMD能识别出与癌症有着密切 联系的模块。 针对MiRMD算法主要是从单个miRNA与多个mRNA组成的模块出发进行 核结构检测并进行重叠邻居拓展得到最终的miRNA调控模块，而没有对miRNA 集合与mRNA集合之问的集体联系进行分析研究。本文中提出了一种基于miRNA 集合与mRNA集合之间集体关系的miRNA调控模块识别算法CGR(collective group relationships)。该算法首先利用LASSO模型整合多数据源来构建加权 miRNA调控网络，然后基于此构建加权的miRNA协同作用网络并对miRNA进 行聚类，形成miRNA簇；再在蛋白质网络上对mRNA进行聚类，形成mRNA簇， 最后通过miRNA和mRNA之间的调控关系，将联系紧密的miRNA簇和mRNA 簇进行合并，得到最终的miRNA调控模块。在三组数据集上的实验表明该算法 能识别到效果更好的miRNA调控模块。 关键词：调控模块；核结构；集体关系；调控网络；蛋白质相互作用 II 万方数据 茎王兰塑墼堡塑墨l坠坠塑丝堡垫堡型兰鎏堑茎Abstract 茎王兰塑墼堡塑墨l坠坠塑丝堡垫堡型兰鎏堑茎 Abstract With the rapid development of biological technology，a large amount of biological data has emerged，which provi