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摘要
信息技术的高速发展使得生物序列数据呈爆炸性增长,如何高效处理和分析这些
海量数据,是当前要面对的一个挑战。序列比对是生物信息分析最基本的处理方法, 由于比对过程耗时极大,利用并行计算技术对计算加速成为重要研究课题。而混合并 行模型是近年来通用并行计算平台的新热点,它可充分发挥并行系统的综合计算能
力。因此结合基于消息传递 MPI、共享内存的 OpenMP 和 CUDA 并行编程模型,实 现基于多机、多核 CPU、众核 GPU 的并行模型,将该模型应用于序列比对研究是一 个很有前景的研究方向。
基于遗传模拟退火多序列比对(GSA-MSA)算法是全局比对算法,论文主要对混合 并行下的 GSA-MSA 算法进行并行化研究。为了实现并行加速,对混合并行系统的硬 件架构 、执行 模型 、混合 编程编 译方 法和并 行性 能指标 等进 行详细 研究, 剖析 GSA-MSA 算法的实现原理和串行算法特点,对其潜在多层次并行性进行挖掘。针对
该算法在多种的混合并行模型下进行全面的多级并行化设计与实现,分别设计单节点 内 CUDA 并行算法、多节点间的 MPI+OpenMP、MPI+CUDA、MPI+OpenMP+CUDA
的混合并行算法,并且从通信、任务划分、负载均衡、存储方式方面进行优化处理。
在并行算法的性能评估中,利用 5 种参数模型测试分析算法的适应度结果、执行 时间、加速比和可拓展性;对混合并行算法的通信代价、负载均衡和内存容量耗用进 行算法的适用性测试分析;最后综合分析评估各种参数模型下多种 GSA-MSA 混合并 行算法的整体性能。实验取得了以下的研究结果:
1、各个混合模型的 GSA-MSA 并行算法都能保持和串行算法的结果误差小于
0.15%,在序列数量越大、长度越小时,并行算法的执行速度越具有明显优势。
2、在加速比测试中,五个参数模型的并行算法都有较好加速效果,单节点内
CUDA 算法最高加速比达到 113.60;4 节点 MPI+OpenMP 达到 13.88 以上;由于测试 环境各节点内只有一个 GPU,MPI+CUDA 与 MPI+OpenMP+ CUDA 的加速比相差不 大,OpenMP 加速效果不明显。三层混合算法对长序列的加速比达到 256.86,短序列
可高达 393.42。另外,并行算法拥有较好的可拓展性,在增大种群数量和温度控制时, 加速效果更为明显,增大遗传迭代次数时,各参数模型的加速效果基本一致。
3、并行算法适用性评估中,三层混合并行算法能很好的控制通信代价,通信耗 时占总时间的 2.23%以下。节点间的计算时间差不大于总时间的 6.69%,负载均衡较 为理想,节点内也实现了良好的动态线程块和线程分配方式。此外,测试中,GPU 显 存耗用不到 217MB,说明还有一定的可提升空间。
实验结果表明,混合并行的 GSA-MSA 算法在保持了串行算法的敏感度下,具有 较好的加速比、可拓展性和适用性。研究成果对混合并行计算的研究和多序列比对并 行化研究具有一定的参考价值与实用意义。
关键字:混合并行计算,遗传退火,序列比对,MPI,OpenMP,CUDA
I
Abstract
The explosive growth of biological sequence data has been influenced by the rapid development of information technology. It is a major challenge to efficiently process
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