面向生物合成代谢工程策略设计.PDFVIP

关键技术 Key Technology 面向生物合成的代谢工程策略设计 1 2,3 1 2,3,4* 1* 马红武 陈修来 袁倩倩 刘立明 孙际宾 1 中国科学院天津工业生物技术研究所 天津 300308 2 江南大学 食品科学与技术国家重点实验室 无锡 214122 3 江南大学 工业生物技术教育部重点实验室 无锡 214122 4 江南大学 粮食发酵工艺与技术国家工程实验室 无锡 214122 摘要 代谢工程研究的主要目的是通过改造菌株代谢网络，高效地合成目的产品。由于细胞代谢网络的复杂性， 从数千个代谢反应及其调控回路中找到合适的改造靶点非常困难，往往要经过反复试差才能成功。通过对大规模 代谢网络的计算分析，设计出特定生物产品的最优合成途径，可以帮助人们找出合适的代谢工程改造策略，减少 改造过程的盲目性，更快更好地得到生物合成菌株。文章重点讨论两个问题：（1）如何设计代谢网络来合成原来 不能合成的产品并提高产品得率，介绍了基于代谢网络计算分析的代谢工程设计方法；（2 ）如何设计菌株实现酶 反应的精准调控，介绍了通过设计基因回路动态调控代谢途径流向的动态代谢工程研究新进展。 关键词 计算设计，代谢工程，生物合成，动态调控，代谢网络，合成生物学 DOI 10.16418/j.issn.1000-3045.2018.11.004 基因工程技术的出现使得人类不再受限于自然变 除副产物生成途径、解除产物合成抑制等。通过这种传 异和筛选，通过有目的的基因组改造可以大幅度地提升 统的代谢工程改造策略，人们已经获得大量工程菌株应 菌株的生产性能。例如，通过对代谢网络中酶基因的引 用于生物化学品（如氨基酸、有机酸、维生素、抗生 入、敲除或精细调控可以创造新的细胞，将廉价的原料 素）、生物燃料（如乙醇）、生物材料（如聚羟基脂肪 转化为有价值的目标产品。这正是目前代谢工程和合成 酸酯、聚乳酸等）的生产，以可再生的原料和绿色的生 生物学研究的主要内容。从原料到产品的生物转化途径 产方式，推动人类工业经济发展进入一个新的阶段。 常常包括几十步的酶反应，目前常用的代谢工程改造策 代谢工程研究遇到的主要瓶颈就是细胞代谢网络 略主要就是过表达和优化产物合成途径中的关键酶、敲 的复杂性。自然存在的细胞是长期进化的结果，常包括 *通讯作者 资助项目：天津市科委项目（15PTCYSY00020），国家轻工技术与工程一流学科自主课题（LITE2018-08），江南大学研究生教育教学研究 与实践课题（YJSJG2017004） 修改稿收到日期：2018年10月29 日 . . 1166 2018 年 第 33 卷 第 11 期 面向生物合成的代谢工程策略设计 上千个酶基因并具有复杂的调控机制，仅仅对原料到产 杆菌和酿酒酵母为底盘细胞，通过逐级扩展算法将来源 品合成途径上的少数基因进行改造很多时候并不能达到 于 KEGG 、BRENDA 和 ENZYME 3 个数据库中的异源代 预期的结果。随着基因组测序技术的快速发展，完成全 谢物和反应添加到 3 个菌株代谢模型中以合成新的产物。 基因组测序的生物越来越多；通过基因组注释信息可以 该扩展算法首先从数据库中找出那些反应物在（但产物不 快速确定其基因组能够编码哪些酶、进行哪些反应，由 在）该菌株代谢网络中的反应，通过将这些反应添加到模 此构建出该生物的代谢网络模型[1] 。这些基因组规模代 型中，使该模型可以生