基于弹性网络模型的麦芽糖转运蛋白功能残基的识别-应用生态学报.PDF

Vol.35 高等 学校 化 学 学报 No.6 2014年6月 摇 摇 摇 摇 摇 摇 CHEMICALJOURNAL OF CHINESE UNIVERSITIES摇 摇 摇 摇 摇 摇 1311~1317 doi:10.7503/ cjc 摇 摇 基基于弹性网络模型的麦芽糖转运 蛋白功能残基的识别 1 2 2 2 3 1 1 周晓峰 ,谢小露 ,张摇 蕾 ,李春华 ,楼姣英 ,刘乃波 ,丁振山 (1.中日友好医院泌尿外科,北京 100029;2. 北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京 100124; 3. 北京中医药大学东方医院,北京 100078) 摘要摇 基于弹性网络模型的热力学方法,识别出麦芽糖转运蛋白质体系中的关键残基,探讨了麦芽糖转运 蛋白内长程协同效应,研究结果有助于更好地理解该转运体系发挥生物学功能的分子机制. 关键词摇 麦芽糖转运蛋白;弹性网络模型;热力学循环;变构效应;功能残基 中图分类号摇 O641摇 摇 摇 摇 文献标志码摇 A 三磷酸腺苷结合盒转运蛋白[ATP鄄binding cassette(ABC)transporter]超家族是一类跨膜转运蛋白, 承担着细胞营养物质的吸收、代谢产物的分泌以及细胞与外界的能量和信息交流等一系列重要的功 能. 它利用ATP水解的能量对多种底物分子进行跨膜转运,包括离子、糖类、氨基酸、多肽和蛋白质 等[1~3]. 大肠杆菌麦芽糖转运蛋白(MalFGK )是ABC转运蛋白家族中的一种,它承担着细胞内外麦芽 2 糖分子的转运,具有重要的生物学功能. 麦芽糖分子的转运过程,伴随着该转运蛋白体系不同结构域 之间大幅度的协同运动,而这种协同运动涉及一些关键残基,它们负责介导蛋白不同区域之间的信号 传导和变构效应. MalFGK 在麦芽糖转运过程中的不同结构已通过X射线衍射技术解析出来. 包括一 2 个细胞外周麦芽糖结合蛋白(MBP),2个跨膜结构域(TMD,即MalF和MalG)及细胞内ATP结合结构 域(NBD,由MalK二聚体构成)[4~6] ,如图1所示. Fig.1摇 Crystal structure of MalFGK2 (A) The “inward鄄facing冶 conformation;(B) the “outward鄄facing冶 conformation. 在休眠状态下,MalFGK 蛋白的MalF/ G结构域处于内开口构象[图1(A)]. 此时,MBP 尚未结 2 合到TMD上,跨膜结构域MalF上的麦芽糖结合位点暴露于细胞内侧,同时,NBD结构域处于打开状 态,未结合ATP. 当结合了麦芽糖底物的MBP与MalFGK 结合后,引发了NBD 的2个MalK结构域互 2 收稿日期:2013鄄12鄄05. 基金项目:国家自然科学基金(批准号、北京市教委项目(批准号:KM201310005030)、北京市教委科技创新平台项目 和吴阶平医学基金(批准号:320.6750.12703) 资助. 联系人简介:李春华,女,博士,教授,主要从事计算分子生物学与生物信息学研究. E鄄mail:chunhuali@ 丁振山,男,博士,主治医师,主要从事肿瘤治疗与药物设计研究. E鄄mail:dzsfighting@ 1312