锦鲤红白皮体色表达谱分析及相关基因甲基化表达模式的研究-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

摘要 摘要 I I 摘要 锦鲤（Cyprinus carpio var. Koi)，隶属鲤科，是鲤鱼的一个变种，因其体色变化丰富 多彩，变幻多姿，是一种全球范围内重要的观赏鱼类。其中，红白锦鲤为最常见品种， 本文主要以红白锦鲤作为主要的研究材料，研究体色差异的分子机制，本文通过 RNA-Seq 技术对红白锦鲤的红皮和白皮两个样本的转录组进行研究，得到的结果如下： 1. 采用双端 100 nt Illumina Hiseq 测序，在红皮与白皮样本中分别得到 1.03 千万条 双末端序列，以已发布的鲤鱼基因组做参考，由 Cufflinks 对测序 reads 进行比对、组装 和整合，共得到 85,823 条组装后的转录本，其中 81,959（95.3%）条转录本能够比对到 参考基因组中，剩余 3,846 条转录本在基因组的覆盖区域与参考注释转录本不一致，这 些转录本来自 3,157 个不同的基因区域，其中 437 个比对到外显子反义链上的基因，2,720 个比对到基因间隔区域。 2. 未比对到参考基因组的 3,157 个基因用 Transcoder 以及 BLASTX 进行预测和比对， 预测到 2,295 潜在编码蛋白的基因，剩余的 862 个基因与 ENSEMBL 中硬骨鱼 ncRNA 数 据库以及 NONCODE 数据库进行 BLASTN 比对，共有 143 个基因找到同源的