实用生物信息技术课程第10次作业富含半胱氨酸多肽序列和结构分析.DOC

实用生物信息技术课程第10次作业 PAGE \* MERGEFORMAT 2 富含半胱氨酸多肽序列和结构分析 姓名________ 学号______________ 组号_____ 日期________年___月___日 研究背景 搜索网络资源和文献数据库，了解植物抗菌肽的种类和特点，其中富含半胱氨酸的抗菌肽的序列、结构和功能特点。 搜索网络资源和文献数据库，了解蜘蛛毒素的种类和特点，其中富含半胱氨酸的蜘蛛毒素的序列、结构和功能特点。 搜索网络资源和文献数据库，了解金属硫蛋白的种类和特点，说明半胱氨酸在金属硫蛋白中的作用。 序列比对 从PDB数据库下载虎纹捕鸟蛛毒素-I（Huwentoxin –I）1QK6和美洲商陆抗菌蛋白 1DKC氨基酸序列，用needle程序进行序列比对，将结果填入下表： Sequence Length Score Identity (%) Similarity (%) Gap (%) 1QK6 / 1DKC 从PDB数据库下载以下几种已知结构的多肽毒素的氨基酸序列，进行多序列比对；根据其结构特征，调整比对结果。 Code Name Source Activity 1AXH Atracotoxin-HVI Funnel-web spider toxin Insecticidal toxin 1HWT Huwentoxin-I Chinese bird spider toxin Neuromuscular transmission blocker 1AGG Omega-agatoxin-Ivb Funnel-web spider toxin P-type calcium channel antagonist 1EIT mu-agatoxin-I Funnel-web spider toxin Diverse ion channel specificity 1VTX delta-Atracotoxin-HVI Funnel-web spider toxin Sodium channel blocker 1OMN Omega-conotoxin-MVIIc Magus cone P-type calcium channel antagonist 1OMG Omega-conotoxin-MVIIa Magus cone P-type calcium channel antagonist 1GUR Gurmarin Gymnema sylvestre Sweet taste repressor 检索UniProt/Swiss-Prot数据库中以I型人金属硫蛋白（human metallothionein），进行多序列比对，并创建序列图标（Sequence Logo），说明其保守序列位点特征。 结构分析 用蛋白质结构图形显示软件Swiss-PdbViewer分析1QK6和1DKC结构： 1QK6含_______个半胱氨酸，按方式______________________________________配对形成三队二硫键；二硫键平均键长约为___________埃；三对二硫键连接的?-碳（C?）间距离，最长为____埃，最短为____埃； 选取两个分子中三对二硫键进行结构叠合（Fit molecules from selection），均方根误差（RMSD）为____埃； 画图表示上述两个蛋白质分子??折叠和二硫键形成的“三桥三叠”折叠方式。 从PDB数据库分别下载人金属硫蛋白??和??结构域核磁共振结构1MHU和2MHU： 人金属硫蛋白beta结构域含_____个半胱氨酸，_____个金属原子，每个金属原子和______个半胱氨酸螯合； 人金属硫蛋白alpha结构域含____个半胱氨酸，____个金属原子，每个金属原子和_____个半胱氨酸螯合； 绘图表示人金属硫蛋白beta和alpha结构域金属原子排列方式和原子间距离。 根据上述两大类富含半胱氨酸的多肽分子分析结果，结合自己课题相关或你所熟悉的其它蛋白质分子，说明蛋白质分子序列、结构和功能多样性。