《非编码RNA数据库及在线分析工具》-05 在线设计siRNA序列.pptVIP

在线设计基因、lncRNA的siRNA/shRNA序列 siDirect DSIR Sigma invivogen RNAi Codex 1 2 3 4 5 siDirect（寻找基因、lncRNA的siRNA序列） 1 网址：http://sidirect2.rnai.jp/ siDirect 1：输入基因的accession number（NCBI） siDirect 2：点击，自动出现对应序列 3：点击，设计siRNA siDirect 点击options,可设置其他参数 点击options，网站会给出一系列的siRNA及其他判断信息， 如Tm值，脱靶效应，GC含量等 siDirect siDirect 以小鼠HOXC6为例，accession number为NM_010465.2 siDirect 红框处即为得到的siRNA序列，包含正义链（上行）和反义链（下行） siDirect 以人LINC01018为例，accession number为NR_024424.2 DSIR（寻找基因、lncRNA的siRNA/shRNA序列） 2 网址：http://biodev.extra.cea.fr/DSIR/DSIR.html DSIR DSIR 1：输入基因名 2：输入FASTA序列 DSIR 3：选择要设计的序列要求 4：运行 DSIR 以小鼠HOXC6为例，NCBI中找到小鼠HOXC6的转录本序列 DSIR 选择siRNA 21nt，点击运行 网站会按照评分高低，将设计的siRNA排序，且去掉评分在90分以下得siRNA,我们只要选择排在前面得siRNA即可。SS为正义链，AS为反义链 DSIR DSIR 以人LINC01018为例 Sigma（寻找基因、lncRNA的shRNA序列） 3 网址：/china-mainland/zh/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html Sigma 输入基因名或基因ID Sigma Sigma 以HOXC6为例 点击shRNA Sigma 此处包含种属信息，可根据需要选择好种属，然后点击价格 Sigma Product Details下面出现VALIDATED，即为验证过的序列。一般倾向选择CDS区的shRNA。sigma一般为pLKO.1载体，其shRNA序列一般为： 5’ CCGG—21bp sense—CTCGAG—21bp antisense—TTTTTG 3’ 正义链 反义链 Sigma 该网站有关lincRNA的沉默序列非常少； 因此不建议选用该网站设计shRNA序列 invivogen（寻找基因的siRNA序列） 4