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计算机辅助的基因识别 许雪青 分子遗传教研室 Mail to: buyi.chu@ Outline 计算机辅助基因识别的常用策略 ESTs的介绍 ESTs的具体延伸方法 其它基因识别方法的介绍 进展 目前，靠理论计算的方法预测出来的新基因越来越多。啤酒酵母完整基因组 (约1300万bp) 所包含的 6千多个基因，大约 60％ 是通过信息分析得到的。 计算机辅助的基因识别 在生物信息学分析基础上，利用计算机的帮助，通过同源性比对和基因结构和功能分析来协助发现新基因。 而自1995年以来，EST的引入和应用为大规模进行基因克隆和表达分析提供了巨大的动力。 基因识别的三大策略 Content based methods 基于序列内容的方法。依赖序列于整体、全面的特性来判断。这些特性包括：GC含量、密码子偏嗜性、重复序列等等。 不同的物种使用密码子具有不同爱好 重复序列区域不大可能是编码区 基因识别的三大策略 Site-Based methods 基于位点的方法。通过关注某些特殊序列、模块的存在或缺失来识别基因。 常用来检测转录因子结合位点、polyA尾巴、内含子和外显子剪切位点。 mRNA的可变剪切 Splice pair : 基因识别的三大策略 Comparative methods 基于序列比较的方法。依赖于序列同源