基于双聚类挖掘癌症共享的基因功能模块.pdf

HEREDITAS (Beijing) 2013 3 , 35(3): 333―342 ISSN 0253-9772 研究报告 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2013.00333 基于双聚类挖掘癌症共享的基因功能模块 1 1 2 2 1.2 张凡 , 林爱华 , 林美华 , 丁元林 , 饶绍奇 1. , 510080; 2. , 523808 基因多效性是癌症遗传机制中的普遍现象, 但罕见系统性的分析。文章提出采用双聚类挖掘基因功能模 块的新思路探索癌症的共享分子机制和不同癌症间的关系。获取20 种癌症的基因表达数据, 应用改良t 检验和 倍数法筛选出至少在两种癌症中差异表达的基因, 得到 10417×20 的数据矩阵; 采用双聚类方法获得22 个癌症 共享的基因簇; 进一步富集分析得到 17 个基因功能模块(Bonferroni 校正后P0.05), 主要参与有丝分裂染色单 体分离的调控、细胞分化、免疫和炎症反应、胶原纤维组织等生物过程; 主要执行ATP 结合和微管活动、MHC Ⅱ 类受体活性、肽链内切酶抑制活性等分子功能; 活动区域主要在细胞骨架、染色体、MHC Ⅱ蛋白质复合体、中 间丝蛋白、胶原纤维等。基于模块构建癌症相关网络, 显示胃癌、卵巢腺癌、宫颈鳞癌和间皮瘤等之间相关程 度较高, 而两种血液系统癌症( 急性髓细胞性白血病与多发性骨髓瘤)分子机制与其他癌症存在较大差异。可见 癌症共享的基因功能模块与多种生物机制有关, 癌症之间相似性可能与组织起源、共同的致癌机制等有关。文 章提出的基因多效性分析方法有助于解释人类复杂性疾病的共享分子机制。 癌症; 基因多效性; 双聚类; 基因功能模块 Identification of gene functional modules shared by cancers based on biclustering 1 1 2 2 1,2 ZHANG Fan , LIN Ai-Hua , LIN Mei-Hua , DING Yuan-Lin , RAO Shao-Qi 1. Shool of Public Health, Sun Yat-Sen University, Guangzhou 510080, China; 2. School of Public Health, Guangdong Medical College, Dongguan 523808, China Abstract: Pleiotropy is a common phenomenon in the genetics of cancers, which is rarely systematically evaluated. A novel idea for identifying shared gene functional modules using biclustering was proposed in this paper to explore the common molecular mechanisms among cancers and the relationships between different types of cancers. Gene expression datasets for 20 cancers were obtained. And genes differentially expressing in at least two types of can