基于动态变异通路建立肺腺癌分级特异性诊断模型-审核1.docxVIP

基于动态变异通路建立肺腺癌分级特异性诊断模型-审核1 第 PAGE \* Arabic \* MERGEFORMAT 1 页 基于变异通路评估肺腺癌这个题目需要在考虑一下风险分组并建立诊断模型 这个题目需要在考虑一下 基于变异通路识别肺腺癌分级特异性特征通路并建立诊断预测模型 数据： 数据：从TCGA数据库下载肺腺癌rnaseq表达谱数据，以及临床数据，根据临床分级数据对样本分组介绍太简单，请补上下载数据后缀名格式，rna-seq下载的数据类型（如read count），数据平台、4种stage样本个数、下载时间等信息需要补充完整；下载的原始rna-seq（将所有样本整理在一起），预处理好的 介绍太简单，请补上下载数据后缀名格式，rna-seq下载的数据类型（如read count），数据平台、4种stage样本个数、下载时间等信息需要补充完整；下载的原始rna-seq（将所有样本整理在一起），预处理好的rna-seq数据、下载的临床数据请补充 临床数据为_clinical_patient_luad。 下载时间详细数据可见补充上传的data.zip文件。 四个stage样本个数分别为stageI(37), stageII(161), stageIII(75), stageIV(45) 分析方法 数据重塑并分组 我们首先对肺癌数据根据样本临床信息进行分组，每个样本临床分级信息，即stageI, stageII, stageIII, stageIV。我们获得四个stage样本个数分别为stageI(37), stageII(161), stageIII(75), stageIV(45)。根据样本分组4个stage样本个数，请附件提供分好的TCGA样本编号和对应的stage你好，完整的RNAseq数据以及对应样本的临床信息已经在上传的data.zip 4个stage样本个数，请附件提供分好的TCGA样本编号和对应的stage 你好，完整的RNAseq数据以及对应样本的临床信息已经在上传的data.zip压缩文件里，临床信息中前两列为样本ID和对应的stage信息。 数据标准化 在四个肺腺癌分级中，stageI的恶性程度最低，最接近正常状态，因此我们以stageIi期组作为对照组，计算每个基因在对照组中的均值和标准差，然后对所有样本实现Z-score标准化 ADDIN EN.CITE EndNoteCiteAuthorDallaire/AuthorYear2016/YearRecNum21/RecNumDisplayText[1]/DisplayTextrecordrec-number21/rec-numberforeign-keyskey app=EN db-id=pzrfxwz95eperuev2ppx92t09a2vexrae09w21/key/foreign-keysref-type name=Journal Article17/ref-typecontributorsauthorsauthorDallaire, F./authorauthorSlorach, C./authorauthorBradley, T./authorauthorHui, W./authorauthorSarkola, T./authorauthorFriedberg, M. K./authorauthorJaeggi, E./authorauthorDragulescu, A./authorauthorMahmud, F. H./authorauthorDaneman, D./authorauthorMertens, L./author/authors/contributorsauth-addressDivision of Pediatric Cardiology, Faculty of Medicine, University of Sherbrooke, and Centre de Recherche du Centre Hospitalier Universitaire de Sherbrooke, Sherbrooke, Quebec, Canada. Electronic address: frederic.a.dallaire@usherbrooke.ca.#xD;The Labatt Family Heart Centre, Department of Paediatrics, The Hospital for Sick Children, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada.#xD;Division of Endocrinology, Depart