单颗粒冷冻电镜三维重构研究的新进展-ChinaXiv.PDFVIP

第 8 卷第 1 期 信息技术快报 Vol.8 No.1 Information Technology Letter Jan. 2010 单颗粒冷冻电镜三维重构研究的新进展 樊莉亚 邵书伟 王功明 万晓华 储琪 陈翔 张法 摘要：单颗粒冷冻电镜三维重构技术由于具有其他研究手段所不具备的优点，已经成为一种公认的研究生 物大分子结构的强有力手段。然而，冷冻电镜显微图像的信噪比极低，要获得高分辨率的结果必须收集大 量的图像数据，这使得冷冻电镜三维重构极其耗时。针对上述问题，本文详细介绍了单颗粒冷冻电镜三维 重构的发展和现状，分析了当前所面临的主要挑战性问题，着重介绍了我们在单颗粒冷冻电镜三维重构相 关研究工作上的进展。 关键词：冷冻电镜；三维重构；颗粒图像识别；自适应动态调度；ParaEMAN 1 引言 随着人类基因组和一系列模式生物全基因组计划的完成，生物学家发现想要更好地理解 1 v 生命过程，就必须对基因的表达产物蛋白质进行结构和功能上的研究。按照“结构决定功能” 9 的基本原理，只有清楚了以蛋白质为主体的生物大分子的三维结构，才有可能最终确定它们 5 的生物功能。因此以 X 射线晶体学、核磁共振技术、电子显微学和计算生物学为基本研究 1 0 手段的结构生物学将扮演越来越重要的角色[1] 。 0 . 电子显微学是通过电子显微镜技术并结合图像处理技术发展起来的。同 X 射线晶体学 3 0 和核磁共振技术这两种成熟的结构生物学研究手段相比，电子显微学具有可直接获得分子的 7 形貌信息和相位信息，能够解析那些不适合应用 X 射线晶体学和核磁共振技术进行分析的 1 0 蛋白质等优点。随着生物样品制备技术的完善，电子显微镜设备的进步以及数字图像处理技 2 术的发展，电子显微学已经成为一种公认的研究生物大分子、超分子复合体及亚细胞结构的 : v 有力手段[2] 。 i X 电子显微学方法又包含三种独立的技术：电子晶体学、单颗粒三维重构和电子断层成像 a n 技术。其中单颗粒三维重构技术，由于只需要处理同一大分子随机散布的电镜照片，没有形 i 成晶体的要求，且分子越大重构结构越好，已经成为结构生物学研究中至关重要和不可替代 h [3] c 的研究手段。目前单颗粒三维重构技术解析的最好分辨率已达到 4 埃（Å ）左右 。但是冷 冻电镜显微图像的信噪比极低，要获得高分辨率的结果必须收集大量的图像数据（近 10 万 个颗粒的图像）。此外，每一张冷冻电镜的颗粒图像都需要计算其投影方向和进行快速傅立 6 叶变换等多种处理，总的重构时间极其耗时，通常需要约 10 CPU 小时，而且目前只能处理 20,000~40,000 张颗粒图像，详见文献[4]。因此借助高性能计算系统开发快速准确的三维重 构方法就显得尤为迫切和关键。 为了加强冷冻电子显微技术的相关应用和研究，中国科学院蛋白质科学研究平台生物成 像中心即将安装世界上最先进的低温场透射电子显微镜 Titan Krios，同时 2008 年启动的中 国科学院知识创新工程重大项目《面向蛋白质科学的高性能计算研究》也将单颗粒冷冻电镜 三维重构作