玉米株型相关性状的全基因组关联分析-玉米遗传课题组.PDFVIP

中国农业科学 2018,51(5):821-834 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2018.05.002 玉米株型相关性状的全基因组关联分析 1 1 1 1 1 2 1 刘坤 ，张雪海 ，孙高阳 ，闫鹏帅 ，郭海平 ，陈思远 ，薛亚东 ， 1 1 1 1 郭战勇 ，谢惠玲 ，汤继华 ，李卫华 1 2 （河南农业大学农学院/省部共建小麦玉米作物学国家重点实验室，郑州 450002 ； 郑州市第一中学，郑州 450002 ） 摘要： 【目的】玉米株型性状与植株产量、光合效率、抗倒性等密切相关，是理想株型设计育种的基础，通 过对玉米多个株型相关性状进行全基因组关联分析，构建玉米理想株型，为抗倒伏、耐密性的玉米新品种选育提 供理论基础。【方法】以 284 份温带、亚热带和热带材料组成的关联群体为研究对象，在郑州与浚县 2 个环境下 对玉米总叶片数（LN）、穗上叶片数（LNAN）、穗上叶片数与总叶片数比值（LNAN/LN）、株高（PH）、穗位高（EH）、 穗位高与株高的比值（EH/PH）等 6 个玉米株型相关性状进行调查，借助覆盖玉米全基因组约 56 万个 SNP 标记， 进行全基因组关联分析，以期为玉米新品种的选育提供理论依据。【结果】2个环境下，6个性状均表现为正态分 布；大多数性状之间均存在高度正相关或负相关；方差分析表明这 6 个株型相关性状的基因型与环境以及基因型 ×环境的互作均达到显著水平。在选择最优关联分析模型时，发现 Q 模型假阳性较高，Q+K 模型对假阳性的控制 过于严格，而 K模型的表现最好；在2个环境下，全基因组关联分析（K 模型）共检测到56个显著SNP-性状关联 （ P ≤3.99E-6），这些 SNPs 共涉及 5 个性状的 17 个位点，每个位点解释的表型变异从 7.97%—10.56%不等。同 时发现有 4 个位点能够在 2 个环境中同时被检测到，表明这 4 个位点受环境影响较小，在不同环境下可以稳定存 在。通过对显著关联的 SNP 上下游各 50 kb 范围内候选基因进行搜索，共发现 80 个候选基因，其中 42 个具有功 能注释。例如，与株高和穗位高显著相关的基因 GRMZM2G161293 编码一个具有乙酰葡糖转移酶活性的蛋白，该酶 催化UDP-N-乙酰氨基葡萄糖生成糖过程中的N-乙酰葡糖氨基残基的转移，可能通过影响玉米籽粒可溶性糖含量进 而影响产量，推测其为最可能的候选基因。【结论】K模型对假阳性的控制效果最好，基于K模型的GWAS结果， 一共检测到17 个株型性状相关的位点。 关键词：玉米（Zea mays L.）；全基因组关联分析（GWAS）；株型性状；理想株型 Genome-Wide Association Studies of Plant Type Traits in Maize 1 1 1 1 1 2 LIU Kun , ZHANG XueHai , SUN GaoYang , YAN PengShuai , GUO HaiPing , CHEN SiYuan , 1 1