高通量技术在农学研究中的应用..pptxVIP

高通量技术在农学研究中的应用;主要内容;大量物种已测序完成，接下来我们能利用这些丰富的基因组资源做什么？ ;;全基因组重测序 目标区域捕获重测序 SNP芯片分型; 全基因组重测序;NimbleGen平台;用户自定义芯片; 重测序研究的运用;10;案例 中国玉米重测序 ; 玉米自交系的重测序数据与玉米B73的基因组序列进行比对，发现不同的自交系中存在不同数量的基因丢失与获得性变异（PAVs）。;;;;;;18;思路四 全基因组关联分析;;2015-1-28;22;使用SSR标记构建的框架连锁图将Ccu基因初步定位在2号染色体端部一个670Kb的区域里。 用solexa新一代测序技术对9110Gt的基因组重测序得到5X基因组覆盖数据，开发了3个Ccu 座位连锁的indel标记，分别为Indel01，Indel02和 Indel03。 Indel01和 Indel02标记是目标基因两侧最近的标记，距离Ccu基因分别为0.14 cM和0.15 cM，而两个标记之间的物理距离大约为140 Kb。;;RNA 的种类;;什么是转录组？;转录组学（ Transcriptomics ）;Nature Review/Genetics (2009)10:57-63;RNA-Seq 生物信息分析内容;;每个发育阶段，分别选3棵向阳树和3棵背阴树，每棵树相应位置随机摘取10个浆果，该实验设2个重复，分别作为样本池进行total RNA提取。 3个stages共测了2.2G的数据量，82.4%的reads可以定位到1个（66.6%）或多个（15.8%）基因组位置。 71.5% 的reads mapped到外显子，16.1% mapped 到内含子中，8.7% mapped到UTRs区域，3.7% mapped到基因间区域可能是新的转录本。 将测序所得reads 与reference（8.4X框架图）数据比较，鉴定出 85,870 个SNP。;浆果发育三个阶段共有、特有基因表达分布图;发现385个基因具有AS（alternative splicing），其中只在一个浆果发育stage发生AS有210个基因，只在两个浆果发育stage发生AS有97个基因，只在三个浆果发育stages都发生了AS有78个基因。 鉴定了新的基因，发现了glutathione-S-transferase (GST)家族的53个新基因，MYB转录因子家族中28个新基因，这些基因因为表达丰度低、缺少探针序列而无法被芯片检测到。 随机选取15个基因进行qRT-PCR验证，发现12个基因qRT-PCR结果与RNA-Seq相一致。 ;比较不同性状的黄瓜的转录组情况;Nature Genetics published online 31 October 2010; doi:10.1038/ng.703 ;比较同一叶片不同部位玉米的转录组情况;案例01 青蒿转录组文章;40;41;;对飞蝗进行了深度转录组测序，全面发现了具有代表性的核心基因集。 对测序得到的21.5Gb的illumina 序列（reads）进行了组装，得到了72977条转录本（N50,2275bp），并鉴定了11490个蝗虫蛋白编码基因。 与其它8种已测序昆虫进行比较基因组学分析，从而第一次对不完全变态和完全变态的昆虫进行了基因组分歧的鉴定，且发现了18个发育相关基因。;差异表达基因研究方法诞生时间表;DGE 基 本 原 理;案例01 中国农大葡萄DGE文章;研究葡萄感染霜霉病病原菌前后基因表达差异情况。;案例02 东北农大黄瓜DGE文章;案例 03 南京农大杨志敏教授棉花DGE文章;-2、-1、0和1 DPA的总RNA混合作为stageI（纤维启始）的样品，野生型和突变体的分别标记为 WT1 和 M1。 2、3、5和8 DPA的总RNA混合作为stageII（纤维伸长）的样品，野生型和突变体分别标记为 WT2 和 M2。 对差异表达基因的分析显示野生型和突变体棉花文库之间基因的类型和表达丰度有了质的变化。 在WT1/M1和WT2/M2之间表达差异水平最大的20个基因是纤维素合成酶基因、磷酸（脂）酶基因和脱氢酶基因，这些基因都参与了纤维细胞的发育进程。;猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）是一种全世界范围内影响家猪生产的重要疾病，每年都会造成很多的经济损失。 共取9头6周大的健康小猪：3头猪为对照；采用肌肉注射的方式感染，在感染实验前一天，牺牲掉取肺；6头猪感染N-PRRSV（经典北美型PRRSV）CH1a株病毒病毒，分别在感染后第3天和第7天，各牺牲3头猪取肺。每3头猪的肺混合提取RNA，进行测序。 对比数据库为 sus scrofa UniGene 。