真核生物转座子鉴定和分类计算方法-遗传.PDF

HEREDITAS (Beijing) 2012 8 , 34(8): 1009―1019 ISSN 0253-9772 综 述 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.01009 真核生物转座子鉴定和分类计算方法 1 1 1 1 1 1 1,2 许红恩 , 张化浩, 韩民锦 , 沈以红 , 黄先智 , 向仲怀, 张泽 1. , 400715; 2. , 400044 重复序列是真核生物基因组的重要组成成分, 根据其序列特征及在基因组中的存在形式, 可以进一步分 为串联重复、片段重复和散在重复。其中, 散在重复大多起源于转座子。根据转座介质的不同, 转座子又可分 为 DNA 和逆转录转座子。转座子的转座和扩增对基因的进化和基因组的稳定具有显著的影响; 同时与其他类 型的重复序列相比, 转座子的结构和分类更为复杂多样, 使得对转座子的鉴定和分类更为复杂和困难。鉴于此, 文章简要概括了转座子的功能及分类, 总结了真核生物转座子鉴定、分类和注释的3 个步骤：(1)重复序列库的 构建; (2)重复序列的校正和分类; (3)基因组注释。着重介绍了每一步骤所采用的不同计算方法, 比较了不同方 法的优缺点。只有把多种方法结合起来使用才能实现全基因组转座子的精确鉴定、分类和注释, 这将为转座子 的全基因组鉴定和分类提供借鉴意义。 真核生物; 重复序列; 转座子; 鉴定; 分类 Computational approaches for identification and classification of transposable elements in eukaryotic genomes 1 1 1 1 1 XU Hong-En , ZHANG Hua-Hao , HAN Min-Jin , SHEN Yi-Hong , HUANG Xian-Zhi , 1 1, 2 XIANG Zhong-Huai , ZHANG Ze 1. The Institute of Sericulture and Systems Biology, Southwest University, Chongqing 400715, China; 2. The Institute of Agricultural and Life Sciences, Chongqing University, Chongqing 400044, China Abstract: Repetitive sequences (repeats) represent a significant fraction of the eukaryotic genomes and can be divided into tandem repeats, segmental duplications, and interspersed repeats on the basis of their sequence characteristics and how they are formed. Most interspersed repeats are derived from tra