基于语义的医疗数据整合平台研究与实现-软件工程专业论文.docxVIP

A Dissertation Submitted to Shanghai Jiao Tong University for Master Degree of Engineering RESEARCH AND IMPLEMENTATION OF MEDICAL DATA INTEGRATION PLATFORM BASED ON SEMANTICS Author：Hua Tengfei Specialty: Software Engineering Advisor: Prof. Ruonan Rao School of Software Engineering Shanghai Jiao Tong University Shanghai, P.R.China Jan. 2010 I I 基于语义的医疗数据整合平台研究与实现 摘 要 在现今的医疗信息系统中，医院内部存在着各种异构系统如 HIS、LIS、CIS 和 PACS 等，它们在医院内部形成若干信息孤岛，这给医疗数据整合和共享带来 很大的问题。 本文以上海市科委支持的组织标本库建设项目为背景，对医院内部异构数据 整合问题进行了分析，提出了一种基于语义的医疗数据整合方法。该方法首先以 统一医学语言系统（UMLS）的超级叙词表和语义网络为基础构建异构数据源的 语义模型，包括从异构数据源关系模式中提取语义信息建立的局部本体和解决局 部本体之间语义冲突的全局本体；然后利用语义模型与数据源之间的映射对异构 数据进行整合。在此基础上，本文进一步阐述了医疗数据整合平台的设计与实现， 包括平台的体系结构、协同的本体编辑器、基于 OWL 的医疗数据语义模型库、 基于 SPARQL 的临床信息查询服务等模块。该平台在实际项目中的试用表明其 是可行和有效的。 与别的医疗数据整合系统相比，本文工作主要有以下特点： 1）将统一医学语言系统（UMLS）的超级叙词表和语义网络引入到医疗数据 整合中，以解决医学专业术语的不一致问题。 2）提出了一种基于语义的医疗数据整合方法。该方法首先建立异构医疗数据 源的医学术语约束，然后进一步建立与异构数据源语义相对应的局部本体和解决 局部本体之间语义冲突的全局本体；在语义模型的基础上利用语义模型与数据源 之间的映射对异构数据进行整合。 3）基于上述方法开发的医疗数据整合平台已在实际项目中试用。该平台提供 建立异构数据源语义模型的 OWL 本体协同编辑工具和基于 SPARQL 的临床信息 查询服务。 关键词：医疗数据整合， UMLS，本体，OWL II II RESEARCH AND IMPLEMENTATION OF MEDICAL DATA INTEGRATION PLATFORM BASED ON SEMANTICS ABSTRACT In today’s medical information system, there exist all kinds of heterogeneous systems such as HIS, LIS, CIS and PACS. For the lack of unified standards among manufacturers, the data structures of these systems are significantly different, which brings a big problem to the data sharing. This paper takes project of Tissue Specimen Database which support by Shanghai committee of science as research background. Problems involved in integration of heterogeneous data in the hospital has been analyzed. Besides, a data integration method based on semantics is proposed. First, this method builds the semantic model of heterogeneous data sources based on Metathesaurus and Semantic Network of Unified Medical Language System (UMLS) . It extracts semantic information from the pattern relationships of heterogeneous data sources to es