生物信息学-NCBI数据库(1).ppt

1.结果总览 红、粉、绿、蓝、黑五种颜色，红色同源性最高，排在最上面，其他依次降低，黑色最低。每一条线代表搜索匹配的一条序列； 2.比对结果描述 与目标序列同源性最高的结果在最上面，E值最低，score最大，点击序列号可以查看详细信息。点击score可以打开对应的比对详细信息。 转录产物序列 基因序列 匹配序列表 带有genbank的链接，点击可以进入相应的genbank序列 目标序列描述部分 匹配情况，分值，e值 Blast程序评价序列相似性的两个数据 Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、 相似性越高则Score值越大。 E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的可能性越低。 3、各序列比对详情 因申请者提交的要求不同，行列输出有不同的形式，系统默认的是配对行列输出，即查询序列与数据库中匹配的序列垂直对应。空位部分代表查询序列与检索匹配序列不一致。 双序列比对 Blast比对后，当在数据库中搜索到多个显著相似的序列时，目的序列是否与数据库中检索到的序列真正有关联，这时就需要进行双序列比对（pairwise alignment）。 通过双序列比对分析，可以找出两序列之间的最大相似性匹配，进而判断两者是否具有同源性。 Blast主页 双序列比对 Thank you and questions 调课通知 第11周 周五 5、6节 调到 13周周五7、8节 6舍411 第12周 周三1、2节 调到 13周 周三3、4节 6舍411 * * * Nucleotide and genome Nucleotide 该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL)三部分数据组成。 这三个组织联合组成国际核苷酸序列数据库协作体，每天交换各自数据库中的新增序列记录实现数据共享。 其中的核酸序列数据也通过与基因组序列数据库(GSDB)合作获取。 选择数据库 输入关键字 NCBI主页 进入Entrez检索 Entrez简介 Entrez是个全局的生物医学搜索引擎，他可以检索的数据库主要包括三类： （1） 文献数据库：PubMed，PubMed Central， Journals,Books,OMIM,OMIA。 （2） 序列数据库：Nucleotide,Protein,Genome, Strcture,SNP。 （3） 其他数据库：Taxonomy，Gene， Probe,PopSet等 无对应结果 相关的结果 Entrez检索的结果 Entrez 功能强大，在于它的大多数记录可相互链接，既可 在同一数据库内链接，也可在数据库之间进行链接。 Entrez browser来查询各种数据(集成搜索工具) 基因组的相关的信息 查看详细结果 详细结果 序列部分 注释部分 下载格式选择 注释部分 基因位点（Locus）、基因定义（Definition）、基因存取号（Accession)、关键词（Keywords）、 来源（Source）、组织分类（Organism）、参考文献（Reference）、 著者（Author）、题目（Title）、期刊（Journal）、序列特征（Features）、基因（Gene）、蛋白质编码序列CDS(cDNA） 、5’非翻译区（5’UTR）、 3’非翻译区3’UTR）、mRNA的polyA位置（polyA_site）、信使RNA（ mRNA ）、外显子（ exon ）、内含子（ intron ）、原序列（Origin）。 常用序列格式：FASTA格式 1.定义： 在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许序列前添加序列名及注释。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸常用大写字母。 2