课件：白血病分子生物学分型.ppt

SNP的检测——质谱检测技术 单碱基延伸反应 　　Ｔ TCT 　　引物 (23碱基) 　延伸引物 (26碱基) A C T 延伸引物 (24碱基) T C T ACT Ａ 相同的引物 (23碱基) +酶 +ddATP +dCTP/dGTP/dTTP A T G A EXTEND Primer Allele 1 EXTEND Primer Allele 1 Allele 2 EXTEND Primer Allele 2 TT TA AA SNP的检测——质谱检测技术 SEQUENOM MassARRAYTM System SNP研究的意义 SNPs作为遗传标记 通过连锁分析定位疾病基因 有些SNP本身就可直接导致疾病 SNPs对疾病的早期风险评估、早期诊断、预防和治疗 等各方面均具有其特殊应用价值 药物基因组学 有助于新药设计、药物疗效、毒副作用的探究，是实 现个体化用药，选择最佳药物的基本保证 进化和群体遗传研究 研究相应DNA区段的变异速率和序列间差异，获取丰 富进化信息，为人类的起源、进化和人群的迁移提供 可靠的遗传学证据 SNP研究新近展 全基因组SNP作图芯片技术（genome-wide SNP-based mapping arrays） 可在较高分辨率的基础上检测等位基因信息和拷贝数异常。 通过肿瘤组织中的信号值与正常组织之间的信号值之比得出受检等位基因在全基因组中的拷贝数变化。 Gorletta小组在约10%的核型正常AML中找到显微缺失位点如9q34.1、12p21.3-13.2、15q14-15.3、16q24、21q21.3和21q22.1-22.2。 Mullighan小组在40%的B系祖细胞ALL病例中找到新的缺失、扩增、点突变和其他基因结构异常，尤其是PAX5基因的突变率达到31.7%。 多重PCR 一次同时扩增多种分子异常 提高异常阳性检出率 适合白血病患者初发时初筛 存在非特异条带 敏感度较单个PCR低 多重PCR Step 1 Choose primer sequences -GC=30-60% -20bp or longer -gel-separable amplification products Step 2. Test/align primer sequences -with each other -BLAST programs for repetitive seq. Step 3. Single locus PCR: Initial program -amplify all loci individually, same conditions -take 1×PCR buffer, no adjuvants -adjust cycling conditions only Step 4. Multiplex PCR: equimolar primer mix -0.1-0.4mM each primer -use PCR program from step 3 Multiplex PCR: step-by-step protocol 多重PCR 白血病融合基因检测 inv(16)(p13;q22)； t(X;11)(q13;q23)； t(6;11)(q27;q23)； t(11;19)(q23;p13.1)； t(1;11)(p32;q23)； t(11;17)(q23;q21)； t(10;11)(p12;q23)； dupMLL(11q23)； t(1;19)(q23;p13)； t(17;19)(q22;p13)； t(12;21)(p13;q22)； del(1)(p34;p34)； t(8;21)(q22;q22)； t(3;21)(q26;q22)； t(16;21)(p11;q22)； t(4;11)(q21;q23)； t(11;19)(q23;p13.3)； t(9;11)(p22;q23)； t(1;11)(q21;q23)； t(9;22)(q34;q11)； t(9;12)(q34;p13)； t(5;12)(q33;p13)； t(6;9)(p23;q34)； t(9;9)(q34;q34)； t(11;17)(q23;q21)； t(15;17)(q21;q22)； t(2;5)(p23;q35)； t(5;17)(q35;q22)； t(3;5)(q25.1;q35) 多重PCR ALL IG/TCR重排检测 IGH 基因：完全VH-JH 重排 不完全 DH-JH重排 IGK 和 IGL基因 IGK基因：kappa 缺失重排(Kde) TC