function prediction蛋白质功能预测的计算机方法：概述概要。生物信息学.docVIP

Computational Approaches for Protein Function Prediction: A Survey Gaurav Pandey, Vipin Kumar and Michael Steinbach Department of Computer Science and Engineering, University of Minnesota 蛋白质功能预测的计算机方法：概述 camelbbs@ 译 蛋白质是生命中最必需和最通用的大分子，对它们的功能的认识与新药的发展、农作物的收成以及生化合成如生物燃料的发展有着重要的联系。实验手段来预测蛋白质功能本身就是低通量的，已经不能用来注释在高速发展的基因组测序技术中所获得的大量蛋白质。这促使人们通过计算机技术，利用各种高通量的实验数据来进行蛋白质预测，如蛋白质和基因组序列、基因表达数据、蛋白质相互作用网络以及系统发生谱等等。事实上，在过去的短短的十年里，关于这个课题已经发表了几百篇文章。本概述的目的在于，根据这些预测方法所用到的数据类型将它们分类并加以讨论，以便对这一重要领域的发展趋势作出预测。希望本文能帮助计算生物学家和生物信息学工作者获得一个关于蛋白质功能的计算机预测这一领域的总览，并找出那些值得进一步研究的地方。 关键词和短语：蛋白质功能预测 生物信息学 基因分类 多重生物数据类型 高通量实验数据 数据挖掘 基于非同源性方法 TOC \o 1-3 \h \z HYPERLINK \l _Toc225772790 1 前言 PAGEREF _Toc225772790 \h 5 HYPERLINK \l _Toc225772791 2 什么是蛋白功能 PAGEREF _Toc225772791 \h 7 HYPERLINK \l _Toc225772792 2.1功能分类计划(Schemes) PAGEREF _Toc225772792 \h 8 HYPERLINK \l _Toc225772793 2.2 GO是途径 PAGEREF _Toc225772793 \h 10 HYPERLINK \l _Toc225772794 2.3讨论 PAGEREF _Toc225772794 \h 12 HYPERLINK \l _Toc225772795 3蛋白质序列 PAGEREF _Toc225772795 \h 13 HYPERLINK \l _Toc225772796 3.1介绍 PAGEREF _Toc225772796 \h 13 HYPERLINK \l _Toc225772797 3.2基于同源性的注释转换：用于功能预测的优点 PAGEREF _Toc225772797 \h 15 HYPERLINK \l _Toc225772798 3.3简单同源注释转换之外的方法 PAGEREF _Toc225772798 \h 15 HYPERLINK \l _Toc225772799 3.3.1基于同源性的方法(homology-based) PAGEREF _Toc225772799 \h 17 HYPERLINK \l _Toc225772800 3.2.2基于亚序列的方法(subsequence-based) PAGEREF _Toc225772800 \h 18 HYPERLINK \l _Toc225772801 3.3.3基于特征的方法(feature-based) PAGEREF _Toc225772801 \h 22 HYPERLINK \l _Toc225772802 3.4讨论 PAGEREF _Toc225772802 \h 24 HYPERLINK \l _Toc225772803 4。 蛋白质结构 PAGEREF _Toc225772803 \h 25 HYPERLINK \l _Toc225772804 4。1 简介 PAGEREF _Toc225772804 \h 25 HYPERLINK \l _Toc225772805 4.2 结构与功能有联系吗？ PAGEREF _Toc225772805 \h 28 HYPERLINK \l _Toc225772806 4。3 已存在的方法 PAGEREF _Toc225772806 \h 29 HYPERLINK \l _Toc225772807 4.3.1 基于结构相似性的方法(structural similarity-based) PAGEREF _Toc225772807 \h 30 HYPERLINK \l _Toc225772808 4.3.2基于三维基序的方法(three-dimensio