基于网络重构的蛋白质复合物识别算法研究-计算机技术专业论文.docxVIP

基于网络重构的蛋白质复合物识别算法研究 基于网络重构的蛋白质复合物识别算法研究 工程硕士学位论文 工程硕士学位论文 PAGE PAGE IV III III 摘 要 蛋白质复合 物是生 物细胞中 最基本 的单位之 一，在 完成各个 生物功 能的过程 中起着非常 重要的 作用。所 以，系 统的研究 蛋白质 之间通过 相互作 用组成复 合物 的过程并以 复合物 的形式完 成特定 生物功能 是生物 研究者们 面临的 重要挑战 。而 且从蛋白质 网络中 识别复合 物对解 释生物功 能的规 律具有重 要的意 义。 针对蛋白质 相互作 用网络中 存在较 高的假阳 性率和 假阴性率 的问题 ，我们提 出了使用连 通性理 论重构蛋 白质网 络以减少 相互作 用中假阳 性率和 假阴性率 的方 法。该方法 根据蛋 白质网络 邻接矩 阵的特征 值和特 征向量计 算网络 相互作用 的权 值。然后根 据权值 大小判断 该相互 作用是否 存在于 重构的图 连通网 络中。我 们用 四个已有的 蛋白质 复合物识 别算法 分别在初 始蛋白 质网络和 重构的 图连通网 络中 运行，结果 表明在 图连通网 络中识 别复合物 的效果 明显优于 原始网 络。这说 明通 过连通性理 论有效 的提高了 蛋白质 网络中相 互作用 的可靠性 。 提出一 个在 单元- 核- 附属结 构框 架下基 于边 聚集 系数 的蛋白 质复 合物 识别算 法——CFPE (Cell-Core- Attachme nt Frame for Ident ifying Protein Comp le xes Based on Edge Cluster ing Coeffic ie nt)。该 算法首先 在蛋白 质相互作 用网络 中搜索单 元结 构，然后把 单元结 构扩展成 为核结 构，即蛋 白质复 合物的核 心部分 ，最后为 核添 加附属结构 而构成 复合物。 实验结 果表明， 单元结 构包含丰富的拓 扑特性和 生物 意义。而且 CFPE 识别出的 复合物 在综合评 价指标 和蛋白质 覆盖率 方面都优 于对 比算法，具 有显著 生物意义 的预测 复合物的 比例也 是最高的 。 关键词：蛋 白质复 合物；蛋 白质相 互作用网 络；边 聚集系数 ；核- 附属结构； 图连通性 Abstract Protein comp lex w hich p lays an important role in t he process of b iolo gical funct ion is one of the most basic units in bio logica l cellular. So researching the process of forming comp le x protein based on prote in interact ions as well as perfor ming specific b io logica l funct ion in the for m of protein comp lex is a great challe nge for the biolo gical researchers. Meanwhile, ident ifying protein comp lexes fro m protein- protein interactio n network is of vita l s ignificance for expla ining the rule of bio logica l funct ion. A method for reconstr uctio n protein-protein interaction network relied on connectivit y t heory is proposed to opt imize t he high fa lse posit ive rate and false negat ive rate exist in protein- protein interact ion network. This met hod calculates interaction we ights by us ing the eigenva lues and eigenvectors of t he adjacency matr ix of the network. Whether an interaction exists in reconstruct ion network depends on its interaction we ight. We comp