cp2k 4.1 5.x-development 最新多进程多线程(MPI+OPENMP)并行版超详细安装教程极致优化加速版(20170713).pdfVIP

CP2K 4.1-release 最新5.x-dev 多进程多线程(MPI+OPENMP) (host.psmp 版 host.popt 版)超详细安装教程极致优化加速版 制作者：甄江苏 （湘潭大学材料科学与工程学院） 制作时间：2017.07.13 测试版本：Development r17978 cp2k 最新 5.x-development 版本包含了很多新功能的加入以及对之前版本大量的优化 ( 比如速度优化)和错误修正(比如ADMM 加速部分的ADMM_PURIFICATION_METHOD 选项的bug 修复等等)，建议大家安装最新版cp2k。 如果编译4.1-release 版本，建议编译多进程单线程(host.popt)版本，如果编译最新5.x- development 开发版本，建议编译成多进程多线程(host.psmp)版本。 据我在28 核的至强E5-2690@v4(单机120G DDR4 内存)上测试，采用14 核2 线程跑 AIMD(第一性原理分子动力学)时此教程的综合优化加速(相比用以前的教程和 intel2015 编 译器套件编译去年的5.x-dev 版本cp2k 得到的程序的计算结果，下同)超过 12% ！！！跑杂 化泛函HSE06 单点能计算时(12*12*12 A^3 for 135 atoms) ，单电子步迭代由以前的8000 多 秒每步变为现在的4000 多秒每步，加速非常大！！！ 下面的测试说明都是用AIMD 测试的，没测试其他计算。 测试发现用2 个线程时，对于28 核的机器来说用14 个核心(不能超过14 个核心哇，因 为14*2=28)加速效果最佳，当使用7 个核心(7*2=14，理论应该跟14 核单线程时差不多) 时， 计算速度比14 核单线程要慢不少。当我在24 核的至强E5-2690@v3(单机64G DDR4 内存) 上测试时，发现不管用多少核心，当线程数大于1 时，计算速度都没有相同核数下线程数为 1 时快(不知道其他计算会如何) 。所以多线程有没有加速效果，跟机器配置有关的，具体请 自行测试。但是相比以前的教程，采用单线程还是比以前的教程编译出来的程序快的。 最新development 版cp2k 的k 点计算会比去年的development 版以及4.1-release 版计 算的慢了约13%，我猜可能是对之前的k 点计算进行了修复，加了很多修正。 cp2k 4.1-release 版本目前在我这里只能编译出并使用多进程单线程版本(host.popt 版)， 用多线程版本时，线程数只能为1，不然程序会崩溃。当然此教程编译出的4.1 单线程版本 相比以前教程编译出来的4.1 版本也会有加速效果，至少在我这里是如此。 还需要注意的是，程序在运行过程中，有部分计算可能是用的多线程，而有部分计算可 能只用了单线程，比如我使用PBEsol+D3C9 校正方式来进行CELL_OPT 计算时，在SCF 迭代时是用多线程加速的，但是每次迭代完成后到下次迭代之前的部分我测试的结果是程 序此时用的是单线程跑的(这里是D3C9 校正花了很多时间，且这里程序用的是单线程跑的 D3C9 校正)，也就是如果我开了14 核2 线程的的话，中间部分只用了CPU 一半的资源， 计算速度变慢。当然如果这部分时间消耗本来就非常少，那倒是对整体加速影响不大(如果 是只开D3 校正的话，这部分时间用的比 D3C9 要小不少)，但是时间消耗比较大的话，那 应该没有全程使用单线程效果好。 总的来说，多线程的加速效果跟计算机配置、计算体系大小、计算的性质以及计算方法 都有关系，如果你不知道多线程会不会有加速效果，建议直接使用单线程(比如直接将线程 数设置为1，教程后面会讲到)进行计算，综合效果应该不错！！ 注意，此版本安装教程用的是 intel2017 update4 编译器套件，用 intel2017 update1~ update3 套件会有问题(貌似是MKL 问题)，会导致编译出来的cp2k 计算时能量是错误的。 据我测试，用 intel2015~intel2016 的所