Amber软件中动力学模拟步骤.docxVIP

Molecular Dynamics simulation ——从能量最小化到实际模拟 1 基本流程图 1）概述 前面我们已经得到了Amber用来动力学模拟的prmtop和inpcrd文件，它们分别是参数文件和坐标文件。 我们先从一条命令说起来解释Amber是如何做动力学模拟的： sander –O –i mdin –o mdout –p prmtop –c inpcrd –r rst –x mdcrd 动力学过程是一个连续地解牛顿运动方程的过程：上一个牛顿方程结束时，蛋白质中各原子的位置和速度保留给下一个牛顿方程，惟一改变的是原子的加速度，它会根据各种势能函数重新计算（势能随原子坐标改变：E=f（r,…））。只不过每个牛顿方程的时间很短，短到fs（10-15s）级，Amber软件提供的sander主程序可以用来自动地做这样的数值计算。 它需要参数文件（prmtop）、坐标文件（inpcrd）、sander程序配置文件（mdin）来启动运行，我们已经有了前两种文件，本节内容最主要的就是讲解如何配置我们需要的动力学模拟。sander程序运行过程中会输出临时文件（rst）保存坐标和速度，还有轨迹文件（mdcrd）。 2）动力学过程 从基本流程图可以知道，一般的动力学过程也就可以分为三步：能量最小化（minimization）、体系平衡（equilibrium）、实际