用SWATH-MS法分析一万种人蛋白的方法库——RudiAebersold.PDF

用SWATH-MS 法分析一万种人蛋白的方法库 —— Rudi Aebersold 教授在 2014 年9 月Nature 上发表最新的研究成果 摘要 质谱分析法被认为是深入研究(人类)蛋白质组的可靠、首选的方法。靶向质谱法可以检测和定量分 析复杂生物基质样品中的目标蛋白，可作为检测多种样品中目标蛋白的可靠、准确、重现性好的定量 方法。但是它是一次性的，而且需要提前为每个目标蛋白进行方法开发。SWATH-MS 法也是基于质谱 的方法，它将数据非依赖采集（data-independent acquisition, DIA ）和靶向数据分析结合，相比选择反 应监测技术（selected reaction monitoring ，SRM ），极大的拓展了同一样品中的被靶向检测的蛋白数 量。在本文中，我们展示了一种同时定量万种以上人蛋白质的高特异性方法汇编，利用已建立好的 SWATH-MS 方法库，研究者可以对自己的研究或者临床样本进行靶向分析。这个方法库提供了置信度 信息，涵盖了 UniProtKB/Swiss-Prot 数据库里注释的 50.9%的人蛋白质。因此，有望被广泛的应用于基 础或者临床研究。所有的数据可从公共平台 ProteomeXchange(pxd000953-954)和 WATHAtlas(SAL00016- 35) 获取。 背景和总结 很多科学研究都依赖于高重现性、准确的定量测量手段。在分子生命科学领域，先进的技术已将 大规模活细胞分子测量推至前沿。例如，下一代测序技术(next generation sequencing, NGS) ，使定量分 析完整的基因组和转录组成为许多实验室的常规分析。相反，大规模的蛋白质（最能反映细胞状态的 功能分子）分析，仍然具有挑战性的。 在大多数实验室，复杂样品中的蛋白质检测和定量分析，都通过免疫印记法，需要特定的试剂， 通常是抗体，生成一个信号，表明样品中一个特定的蛋白质的存在和数量。大规模的项目，例如以 Human Protein Atlas project1 和商业组织试图为每种人类蛋白质合成特定的亲和试剂，让它们广泛被使 用。毫无疑问，这些试剂若被生成，将显著影响生命科学研究。然而，目前，只有一小部分的蛋白质 组是可以通过亲和试剂进行常规的检测，结果是，很多文献报道的蛋白质知识都是局限于这一小部分 蛋白质组——因为它们的亲和试剂已被生成。此外，这其中一些试剂是未知的和质量可疑的，所以获 取结果也有局限性。因此，人类蛋白质组如有经过验证的、高质量的检测方法，生命科学研究将大大 受益。 质谱分析法被认为是深入研究(人类)蛋白质组的可靠、首选的方法。尤其是，基于液相质谱联用技 术（LC-MS/MS ）的数据依赖采集技术（dependent acquisition mode ，DDA ），使复杂样品中的蛋白鉴 定取得了显著的进展。发现蛋白质组学和定量蛋白组学已经涵盖了所有的人细胞株，正试图表征 20,300 个蛋白质编码基因表达的每一种蛋白质。例如，国际人类蛋白质组（HUPO ）的Chromosome- centric Human Proteome Project 项目，目前已经可以检测到~14,000 种蛋白质（以至少检测一个肽段为 标准）。最近，两个独立的研究表明，分别通过 2000 和 16800 次 LC-MS/MS 分析，获得 17294 和 18097 个蛋白编码基因表达的蛋白谱。尽管如此，要获得如此高覆盖度的蛋白谱，在进入质谱之前， 依赖于多种蛋白/肽段分离技术，如强阳离子分离（SAX ）或者脱离凝胶电泳(off-gel electrophoresis ， OGE)技术，将复杂样品经过分级形成多种组分，分别进样分析，然后将多个 LC-MS/MS 数据结果整合。 要获取和分析如此深入的蛋白质组数据，需要富杂的技术手段和高昂的费用，正是充分意识到这点， 所以这种强大的技术并不能被很多实验室采用，实验结果也不能在实验室间重复，从而限制其影响广 度。 我们和其他人一起提出了靶向质谱法，在很多实验室，这被证明是一种可定量所有蛋白质的可靠 的分析方法。受益于 HUPO 人类蛋白质组计划，我们公布了一个项目，使靶向技术和与之相关的检测 方法容易实现。在靶向蛋白质组学中，例如 SRM 技术或被称为 MRM （multiple reaction monitoring ） 技术，需要提前为每一个目标蛋白质建立特定的质谱方法，然后才能准确定量。为了支持基于 SRM 或者 MRM 的蛋白定量方法，建立了分析方法库，可以通过访问 (,) 获取。高性能质谱的 SRM