基于COI和16SrRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和-中国水产科学.PDF

中国水产科学 2018 年7 月, 25(4): 891901 Journal of Fishery Sciences of China 研究论文 DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.18033 基于COI 和16S rRNA 的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统 进化研究 1, 2 1, 2 1 1 1 1 1 孙明媛 , 朱锐 , 孙晓晴, 张研, 李尚琪 , 王红伟, 李炯棠 1. 中国水产科学研究院, 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 北京 100141; 2. 上海海洋大学 水产与生命学院, 上海 201306 摘要: 本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象, 讨论COI 和16S rRNA 两种DNA 条形码在 贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性, 并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在 获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上, 测序获得库页岛马珂蛤群体的 COI 和 16S rRNA 序列, 发现 COI 基 因核苷酸多样性为0.00195, 高于 16S rRNA 核苷酸多样性(0.00073) 。基于COI 基因的单倍型多样性为0.76, 大于 16S rRNA 的单倍型多样性(0.318) 。其次, 用全线粒体基因组构建 8 种贝类的系统进化树为参考, 发现基于COI 和 16S rRNA 的系统进化树与参考一致, 提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后, 分别对马珂 蛤科和帘蛤科 15 属 17 种贝类的COI 基因和 16SrDNA 进行序列比较, 发现COI 基因和 16S rRNA 的种间遗传距离 均是种内距离的62 倍。以上结果说明, 16S rRNA 与COI 基因一样, 能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关 系和物种鉴定, 但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI 基因比 16S rRNA 能发现更多的遗传变异。 关键词: DNA 条形码; COI; 16S rRNA; 马珂蛤科; 帘蛤科; 遗传多样性 中图分类号: S917 文献标志码: A 文章编号: 10058737(2018)04089111 库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense), 快速而简便的策略[4-6] 。 又称北极贝, 是一种主要生活在北太平洋潮下带 动物线粒体基因组上的细胞色素C 氧化酶亚 5~15 m 深的沙底浅海区双壳纲冷水性贝类[1] 。从 基I (cytochrome C oxidase subumit I, COI)基因和 分子水平上研究该物种的遗传结构特征, 可以了 16S rRNA 是两种常见的DNA 条形码基因[7-8], 广 解该物种适应低温的分子机制。作为一种经济型 泛应用于遗传多样性评估、系统进化和种类鉴定 贝类, 其富含不饱和脂肪酸, 特别是 Omega 3 和 等领域。但是二者在不同物种的鉴别能力和评估 Steresterol B 能降低体内胆固醇含量[2] 。近几年来, 群体遗传多样性有差异。Xia 等[9]认为在亚洲蝾螈 持续的捕捞和气候变化给使得北极贝的养殖区域 中COI 基因要比 16S rRNA 更适合做 DNA 条形 逐渐缩小。Horii 等[3]发现北极贝的养殖深度从水 码。但Zheng 等[10]发现在水螅虫中 16S rRNA 作 下3~13 m 深缩小到水下7~13 m 深。在开展北极 为 DNA 条形码的效果比 COI 基因更好。这两种 [11-12] 贝的人工