毛白杨木质素合成酶基因F5H克隆与生物信息学分析-广东农业科学.PDF

东农业科学 2014 年第 20 期 131 毛白杨木质素合成酶基因F5H 克 与生物信息学分析 王轶男 陈 雪 盖 颖 渊北京林业大学生物科学与技术学院 北京 100083 冤 摘要 克隆毛白杨阿魏酸-5-羟基化酶渊F5H 冤基因全长序列 并通过生物信息学分析 为进一步研究 F5H 基因 功能提供基础遥 利用 RT-PCR 方法成功从毛白杨 741 组培苗叶片中克隆了F5H 基因 并对 F5H 基因的核苷酸序列 及推导的氨基酸序列进行分析 包括疏水性-亲水性尧氨基酸翻译后修饰尧亚细胞定位尧跨膜结构域尧蛋白质二级三级 功能结构域等进行分析预 和推断遥获得的基因长度为 1 686 bp 编码区 1542 bp 与已 布的毛果杨 F5H mRNA 序 列渊GenBank 登录号为AJ010324冤的编码区相似性达 97.45% 并与其他植物的该基因序列具有同源性遥F5H 是亲水性 较强的蛋白 整条肽链有 1 个跨膜结构域曰通过亚细胞定位表明 F5H 主要位于质体中 并含有磷酸化位点有 19 个遥 F5H 含有丰富的二级结构 卷曲占44.44% 尧折叠占7.02%尧螺旋占48.54% 并预 了其三维结构遥分析结果显示 植物 的阿魏酸-5-羟基化酶是一个具有跨膜结构域的亲水性蛋白 在内质网等分泌途径中表达遥 关键词 毛白杨曰 阿魏酸-5-羟化酶曰 基因克隆曰 生物信息学 中图分类号 Q785 文献标识码 A 文章编号 1004-874X渊2014 冤20-0131-05 Cloning and bioinformatics analysis on Lignin synthetase gene Ferulate-5-hydroxylase of Populus tomentosa WANG Yi-nan, CHEN Xue, GAI Ying (College of Biological Sc ie nc e and Te c hnology , Be ij ing Fores try Univ e rs ity, Be ij ing 100083, China) Abstract: It prov ides a basis for further study of the gene function of Ferulate-5-hydroxy lase(F5H) to clone and make bioinformatics analysis of F5H gene in Populus tome ntosa. F5H gene was cloned from P. tome ntosa leaves by RT -PCR method. T he physical chemistry characteristics including hydrophobsity, post -translational modification, subcellular localization, transmembrane peptide, secondary and 3D structure of F5H were analyzed by applications on-line. T he length of acquired sequence was 1 686 bp and the sequence in coding region is 1542bp. Compared w ith the cod