基于频谱分析的串联重复序列识别方法-Bioprotection.PDF

第37 卷 第9 期 计 算 机 工 程 2011 年5 月 Computer Engineering May 2011 Vol.37 No.9 文献标识码文献标识码：：A 文献标识码文献标识码：： 中图中图分类号分类号：：TN911.72 文章编号文章编号：：1000——3428(2011)09——0181——03 中图中图分类号分类号：： ·人工智能及识别技术·人工智能及识别技术·· 文章编号文章编号：： —— —— —— ··人工智能及识别技术人工智能及识别技术·· 基于基于频谱分析频谱分析的串联重的串联重复序列复序列识别识别方法方法 基于基于频谱分析频谱分析的的串联重串联重复复序列序列识识别别方法方法 聂俊岚聂俊岚，毛伟伟，毛伟伟，王常武，王常武 ，王宝文，王宝文 ，刘文远，刘文远 聂俊岚聂俊岚，，毛伟伟毛伟伟，，王常武王常武，，王宝文王宝文，，刘文远刘文远 (燕山大学信息科学与工程学院，河北 秦皇岛 066004) 摘摘 要：要 ：针对现有串联重复序列识别方法存在的计算量大、灵敏度低等问题 ，提出一种基于频谱分析的串联重复序列识别方法。该方法采 摘摘 要要 ：： 用碱基的电子离子相互作用势作为基因序列数字化表示的方法，通过对数字序列作离散傅里叶变换得到序列中串联重复序列出现的频率， 并对基因序列做加窗傅里叶变换 ，找出串联重复序列存在的位置。实验表明，该方法的计算量较已有方法减少了 75%，并能较好地解决已 有方法识别灵敏度低的缺点。 关键词关键词：串联重复： 序列 ；离散傅里叶变换；电子离子相互作用势；频谱分析；信噪比 关键词关键词：： Identification Method of Tandem Repeats Based on Spectral Analysis NIE Jun-lan, MAO Wei-wei, WANG Chang-wu, WANG Bao-wen, LIU Wen-yuan (College of Information Science and Engineering, Yanshan University, Qinhuangdao 066004, China) 【【Abstract 】】Aiming at the drawbacks of the existing tandem repeats finding methods, such as large number of calculations and feeble sensitivity, 【【 】】 this paper presents a tandem repeats identification method which is based on spectral analysis. The technique employs the ElectronIon