结构生物信息学第九章 结构生物信息学内容资料.pptVIP

蛋白质结构的数据库 1.PDB (Protein Data Bank): 蛋白质结构数据库 /pdb/home/home.do 2. MMDB (Molecular Modeling Database): 分子模拟数据库 /sites/entrez?db=structure 3. MSD (Molecular Structure Database): 大分子的相互作用和结合位点 http://www.ebi.ac.uk/msd PDB (RCSB) MMDB MSD 蛋白质结构的分类 1. SCOP (Structural Classification of Proteins)：folds, superfamilies, and families http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ 2. CATH (Classification by Class, Architecture, Topology Homology) / 3. DALI/FSSP: 蛋白质三级结构的比较 DALI server http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server/index.html DALI Database (fold classification) http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start 蛋白质结构的可视化 RasWin Cn3D 3. 蛋白质二级结构预测 1. Chou-Fasman predictions: Empirical 2. Garnier, Osguthorpe and Robson (GOR): HMM 3. David T. Jones: PSSM 4. Frishman, Argos: Nearest neighbor methods 5. Sujun Hua: Support vector machine Chou-Fasman 1. 预测三种主要的二级结构：?-helix, b-sheet，Coils 2. 训练数据：15个已知构象的蛋白质结构，共2473个氨基酸残基 3. 定义：蛋白质构象参数 (protein conformational parameters): 氨基酸残基在二级结构中的重要性 Pα, Pβ, Pc 氨基酸在各种二级结构中的频率 Inner Helix: Included in Helix Pα, Pβ, Pc的计算 Pα Pβ ?-helix b-sheet 经验规则与预测性能 1. 规则一：对于给定一个6aa的片段， Pα均值 1.03，并且Pα的均值 Pβ的均值，则判定为α-Helix 2. 规则二：对于给定一个6aa的片段， Pβ的均值 1.05，并且 Pβ的均值 Pα的均值，则判定为β-sheet 3. 预测性能：准确性~50-60%；对于β-sheet性能较差 准确性~65% Garnier, Osguthorpe and Robson (GOR)：HMM David T. Jones: PSSM PSIPRED: PSSM + Neural Network 准确性76.5%~78.3% Frishman, Argos: Nearest neighbor methods 准确性~72% Sujun Hua: Support vector machine 准确性~76.2% 4. 蛋白质三级结构预测 (1) 结构基因组学 (2) 蛋白质折叠的动力学 (3) 蛋白质三级结构的预测：具有最小自由能的构象 A. Homology modeling B. Threading C. Ab inito Prediction 结构基因组学 1. 人的基因组中包含22,00个基因 2. 细胞内：通常3,000种蛋白质 3. 序列与结构 2 million sequences in UniProt 33,000 protein structures in the PDB 4. 目标：通过实验或者计算的手段解析所有蛋白质在自然条件下的三级结构 蛋白质折叠的动力学 1. 蛋白质的折叠： 细胞内：自发的；酶的介导；伴侣蛋白的介导 体外：许多蛋白质不能自发折叠 2. 动态：蛋白质的结构在自然条件下并不是固定的 蛋白质的功能常常依赖其构象的改变 3. 自然条件下与变性之后的能量差非常小(5-15 kcal/mol) 大约等于1-2个氢键的能量 4. 折叠过程中，熵与焓都发生改变 Protein Folding Code 1. 蛋白质结构预测/“蛋白质折叠” 给定一个蛋白质的氨基酸序列，预测其三级结构