建议使用平台对某类群计算其系统发育树后与PAUP-Darwintree.DOCVIP

20091028反馈响应稿 V1 文本交流记事项 时间 文稿版本 备注 反馈提交 2009-10-28 Version 1 仙湖会议 初次响应 2009-10-29 V2 孟珍 HYPERLINK mailto:Palpp@cnic.cn Palpp@cnic.cn 2009-10 仙湖2009-10-23会议反馈 如何确保平台序列数据的可靠性和正确性。由于现行的序列清洗标准尚存在不足，导致在平台上检出的序列存在较多误差。因此，需要制定新的序列清洗标准，以确保检出序列的正确性和可靠性。这是保证平台质量的前提。 （1）关于序列过滤甄别原则，是否请红梅和老师同学们把规则细化？我们来程序实现？ （2）现在平台只是普遍性的过滤，使用具体问题和问题归结研究，请红梅和老师同学们共同指导完成。 截至2009-10-28数据有加了过滤规则，已进行新的数据清洗。请大家再使用反馈！ （3）信息团队【Inf】内部，意在研究考虑blast抽提应用。 此部分需要大家多商定确认。希望双方共同合作推进！ 利用平台进行系统发育分析的结果(系统发育关系)与利用PAUP、PHYML等软件计算结果的差别有多大？建议使用平台对某类群计算其系统发育树后，与PAUP、PHYML软件的计算结果进行比较，确定其“可靠性”；同时，待平台完善后，可以考虑将平台的使用合法化(经过数据模拟分析后，进行期刊发表，使平台的试用得到合法化)； 非常赞同这个很重要。 在这方面，能否生物团队（Bio）牵引，我们来配合？ 在进行内类群与外类群的比较计算时尚存在不方便的地方，外类群序列必须下到本地电脑后以自有数据形式提交计算，能否设置成直接选择的形式(即在进行系统发育树的构建过程中，外类群的选择不能实现手动选择，系统默认为所提交的所有类群的最后一个为外群。只能通过手动将外类群序列下载到本地电脑后以自有数据形式提交，使外类群系列排到最后。能否在运算过程中设置外类群这个参数) 列入Inf开发计划。 选取代表属或科的序列时，能否设定手动选择序列，以方便用户更灵活地运用平台； 列入Inf开发计划，以什么样的形式，需讨论。 在“evoke new task”下的“search scope”中的“add/delete”栏，只能逐条删除，能否改进为可批量或同时多条序列删除； 列入Inf开发计划。 建议在平台的taxon list中，科、属、种名均按字母顺序排序，以便查找； 列入Inf开发计划。 在进行类群搜索时，若输入科属名时，错输一两个字母即无法显示，能否设置提示框供选近似属名： 列入Inf开发计划。 对“Group Application”和“Common Application”栏，能否设置成何种身份用户登录即出现相应版块，以免功能重复。 列入Inf开发计划。 怎样的形式请讨论！ 建议平台增设“网页浏览统计”板块，将已有多少人使用平台、多少文章是利用平台计算数据显示在平台主页，以增加平台的可信度； 结合交流文档等，具体请讨论！ 类群搜索能否细化到属下水平？ 列入Inf开发计划。 能否将JAVA的SETUP文件放在平台上供下载； 列入Inf开发计划。 能否设置一键式回到平台主页； 现在通过左侧导航或页面上方导航调下面的“***Panel ”回到主页，如确实感到不便，我们再更改吧：） 能否设置按键功能提示； 具体哪些方面，请列举！ 能否考虑不同操作系统以及网络浏览器的兼容性问题； 在考虑，请多测试，及时反馈，具体的页面或方面！ 能否将平台所采用的分类系统显示在平台上，由其不同分类系统的名称会有差别，因此增加该项内容便于用户更方便地进行类群检索。 （1）因为异名现在还没有提供，我们针对此提出的技术方案没有实施。 （2）现在可以考虑分版本的技术方案。比如NCBI版本；我们自己提供的EXCEL版本等。 （3）另外流行的分类系统版本数据请提供。 （4）请确认以什么样的方式来提供，还是和原来一样的EXCEL吗？ 请讨论确认，好根据确认案来程序实现。